1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aagaagcatgagcagccatgctgtgggtgatgtgacactgttaattatgagacctttattcaaattctcttgtccatttttttaatttagaattttgcagGCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGATGGCAATGGGCAAAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G003190_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAG GCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGATEST: gi|76012942|gb|DT940112.1|DT940112
genomic: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAGgtatagctta ... aattttgcagGCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGAT
EST: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAG GCATGCAGCGCTGATGAEST: gi|71429556|gb|DR810606.1|DR810606
genomic: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAGgtatagctta ... aattttgcagGCATGCAGCGCTGATGA
EST: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAG GCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGATEST: gi|67024943|gb|CO453692.1|CO453692
genomic: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAGgtatagctta ... aattttgcagGCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGAT
EST: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAG GCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGATEST: gi|211253557|gb|FL133112.1|FL133112
genomic: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAGgtatagctta ... aattttgcagGCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGAT
EST: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAG GCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGAT
genomic: GAGGTACATGCATCCTTTTTGGTGATGCTGCTGGTGCTGTGTTGGTACAGgtatagctta ... aattttgcagGCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGAT
tatgagacctttattcaaattctcttgtccatttttttaatttagaattttgcagGCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGATGGCAATGGGCAAAA
ttttaat putative branch site (score: 132)
ttgtccatttttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagaagcatgagcagccatgctgtgggtgatgtgacactgttaattatgagacctttattcaaattctcttgtccatttttttaatttagaattttgcagGCATGCAGCGCTGATGAAGATGGCTTGCTAGGTTTTTGTGTTCAAAGTGATGGCAATGGGCAAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- -aagcatg
- - - - - - - - catgctg
- - - - - - - - - - - - -ggtgatg