1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...taaaaactggataataatcacactgggtttgtagtgtattcatttttatttgatactgacattctggtttctggactcagttgacatcaatgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTTTGCCAAAGATGTTCTTTGCAGGTATTCCATGTTTCATTAATTCATTTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G003076_T04 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAG ATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTEST: gi|149081139|gb|EE170248.2|EE170248
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatg ... tgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
EST: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAG ATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTEST: gi|149109085|gb|EE189999.2|EE189999
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatg ... tgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
EST: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAG ATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatg ... tgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
ttatttgatactgacattctggtttctggactcagttgacatcaatgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTTTGCCAAAGATGTTCTTTGCAGGTATTCCATGTTTCATTAATTCATTTC
aatgtattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaaaactggataataatcacactgggtttgtagtgtattcatttttatttgatactgacattctggtttctggactcagttgacatcaatgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTTTGCCAAAGATGTTCTTTGCAGGTATTCCATGTTTCATTAATTCATTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG