1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gatttctttataatttgtctgcctccatgatccatgaacggcctgttttccatatctatggatgttggataaactaacctaatcttatatgattctacagTCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTGCTGTTAGAGATGAAAGTGTGAAACTCATGGATGGAAAGATGCATATAGGTCAGCTGCAATTTGTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G002361_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGATCCTCATGTTGTGTTTGGTAGCTTGGACAGCGCATTCATACAGACG TCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTGCTGTTAGAGATGAAAGTEST: gi|149108582|gb|EE189724.2|EE189724
genomic: ATGATCCTCATGTTGTGTTTGGTAGCTTGGACAGCGCATTCATACAGACGgtattgcttt ... gattctacagTCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTGCTGTTAGAGATGAAAGT
EST: ATGATCCTCATGTTGTGTTTGGTAGCTTGGACAGCGCATTCATACAGACG TCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTTGCTGT-AGAGATGAAAGEST: gi|7145326|gb|AW506807.1|AW506807
genomic: ATGATCCTCATGTTGTGTTTGGTAGCTTGGACAGCGCATTCATACAGACGgtattgcttt ... gattctacagTCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTT-GCTGTTAGAGATGAAAG
EST: ATGATCCTCATGTTGTGTTTGGTAGCTTGGACAGCGCATTCATACAGACG TCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTGCTGTTAGAGATGAAAGT
genomic: ATGATCCTCATGTTGTGTTTGGTAGCTTGGACAGCGCATTCATACAGACGgtattgcttt ... gattctacagTCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTGCTGTTAGAGATGAAAGT
ttttccatatctatggatgttggataaactaacctaatcttatatgattctacagTCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTGCTGTTAGAGATGAAAGTGTGAAACTCATGGATGGAAAGATGCATATAGGTCAGCTGCAATTTGTTG
taatcttatatgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatttctttataatttgtctgcctccatgatccatgaacggcctgttttccatatctatggatgttggataaactaacctaatcttatatgattctacagTCAAATCTGCGACCAGGGAACCTTCTCCGCTTTGCTGTTAGAGATGAAAGTGTGAAACTCATGGATGGAAAGATGCATATAGGTCAGCTGCAATTTGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - gcctcca
- - - - - - - - - - - - - - -atccatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atggatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaactaa