Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgttgtgtgcttcttttaaattctcctcgaataactccatcggctcttcctcacttgcctatacatactgtccttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000510_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000510_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g48040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtgttgt--gtgcttcttttaaattctcctcgaataactccatcggctc---ttcctcacttgcctatacatactg---tccttgc--tgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTG
||   ||   || ||||   |    ||   | |  || | || | | ||     | ||||  |       | ||||   |||| ||  ||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |
gttccgtccttgtttctcgcagtgactgtaccatcaatttca-cagttcgcacgcgtcacaggaaagatgacactgttatcctcgccttgcagACTATTTTGAAGCTTCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACTCACCTCTTATCTGGTCTGGGCGCGGGCTTCTTCGCTGTCTGTGTTGGTTCTCCAGTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149014447|gb|EE044057.2|EE044057
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|71332543|gb|DR803241.1|DR803241
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|78109061|gb|DV527478.1|DV527478
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|78179369|gb|DV549742.1|DV549742
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAA
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAA
EST: gi|89249688|gb|DY621474.1|DY621474
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGGCAGTTATGATCAAGTCCAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGG
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGG
EST: gi|31349105|gb|CD433462.1|CD433462
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|71447490|gb|DR828540.1|DR828540
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|149072257|gb|EE160513.2|EE160513
EST:     TGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAAGTCA-GCAG                         TCAATTTTGAAACTCCC
genomic: TGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAA-GTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCC
EST: gi|6827024|gb|AW330667.1|AW330667
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|93015136|gb|EB640656.1|EB640656
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCT
EST: gi|71332542|gb|DR803240.1|DR803240
EST:     CAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: CAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|76292714|gb|DV032282.1|DV032282
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTGGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|31363588|gb|CD447945.1|CD447945
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGNGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|76292715|gb|DV032283.1|DV032283
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|71758598|gb|DR956535.1|DR956535
EST:     CAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: CAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|71437391|gb|DR818441.1|DR818441
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|12045964|gb|BF727999.1|BF727999
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|67028232|gb|CO456981.1|CO456981
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCCACCTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCC-ACCTTTT
EST: gi|78109062|gb|DV527479.1|DV527479
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGGCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTTGAAACTCCCTGGGTTC
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTT-GAAACTCCCTGGGTTC
EST: gi|50333857|gb|CO528983.1|CO528983
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAGGCAG                         GCAATTTTGAAACTCCCTGAGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|6501109|gb|AW202482.1|AW202482
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|76291091|gb|DV030659.1|DV030659
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|148931428|gb|EC874386.2|EC874386
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|148954532|gb|EC899968.2|EC899968
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|76911479|gb|DV164289.1|DV164289
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTTGAA-CTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTT-GAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTT
EST: gi|88751922|gb|DY536063.1|DY536063
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCT
EST: gi|71758726|gb|DR956663.1|DR956663
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|76294190|gb|DV033758.1|DV033758
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCCTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|148932353|gb|EC875981.2|EC875981
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|4886008|gb|AI677128.1|AI677128
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|76281516|gb|DV021084.1|DV021084
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAA-GATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|149110174|gb|EE293989.2|EE293989
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|71437614|gb|DR818664.1|DR818664
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|50324459|gb|CO519585.1|CO519585
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: gi|31348998|gb|CD433355.1|CD433355
EST:     ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG                         TCAATTTTGAAACTCCCTGCGTTCACACATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgaataactccatcggctcttcctcacttgcctatacatactgtccttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTG
                    tcctcac  putative branch site (score: 2)
                                        ctgtcctt  putative PPT
                                tatacata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgttgtgtgcttcttttaaattctcctcgaataactccatcggctcttcctcacttgcctatacatactgtccttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT