Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctaatctcaagttctcaactgcttcatttactctcctttctcaaatgtttatatattttggactcgacgtaactttgtttatttttctttccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G871861_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G871861_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g10340.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
------ctaatctcaagttctcaactgcttcatttactctcctttctcaaatgtttatatattttggactcgacgtaactttgtttatttttctttccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
       | ||  || || |  ||     | ||||  |||  |  || ||| ||    || ||||| | |   | ||||      |  |  | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
tatattattattccatgtccaaaaacaagtgattt--tcttttccctaaaaagt----atcttttgaaattttcataacgaaagcttatactgttttcttctgcagTTATATATGCTGTTGCTCAACAGCCACCTTATGATGGTCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71331800|gb|DR802760.1|DR802760
EST:     TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTG                         TTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
genomic: TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTGgtattttttt ... ccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
EST: gi|71767717|gb|DR965654.1|DR965654
EST:     TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTG                         TTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
genomic: TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTGgtattttttt ... ccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
EST: gi|148939977|gb|EC884708.2|EC884708
EST:     TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTG                         TTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
genomic: TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTGgtattttttt ... ccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
EST: gi|13557642|gb|BG548998.1|BG548998
EST:     TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTG                         TTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
genomic: TTTGGTTATTGATTGGTGGCTGGCCTTTGCCTACTTTCTGGGATTTCTTGgtattttttt ... ccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttatatattttggactcgacgtaactttgtttatttttctttccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG
                     acgtaac  putative branch site (score: 3)
                           ctttgtttatttttct  CT-rich tract
                        taactttgtttatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctaatctcaagttctcaactgcttcatttactctcctttctcaaatgtttatatattttggactcgacgtaactttgtttatttttctttccttttgcagTTATATATGCTGTAGCTCAACAGCCACCTTATGATGGCCTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA