1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tgcaaaacaaacaaacaagcaaacaaattatgtcatttctaataatttttattcgcagtttgcaactgggtagcttgtctaacctttaaacaatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTTTAATTTTAACTGTTGCCAGTGAGGTTTTTGAGGAGTCAGGGAGGACAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G871572_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTG GATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCCGCTGGTEST: gi|32787525|gb|CD940017.1|CD940017
genomic: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTGgtaactaact ... caatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
EST: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTG GATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTEST: gi|32797333|gb|CD949569.1|CD949569
genomic: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTGgtaactaact ... caatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
EST: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTG GATGATGGAACTGGACGTGTATATGTGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTEST: gi|93012428|gb|EB637948.1|EB637948
genomic: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTGgtaactaact ... caatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
EST: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTG GATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTEST: gi|94474067|gb|EB703025.1|EB703025
genomic: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTGgtaactaact ... caatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
EST: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTG GATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTEST: gi|149055712|gb|EE156420.2|EE156420
genomic: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTGgtaactaact ... caatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
EST: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTG GATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTEST: gi|71432571|gb|DR813621.1|DR813621
genomic: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTGgtaactaact ... caatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
EST: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTG GATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
genomic: AAGATTCTGCAGTTATGCTTTCTGTTAGCAAAGAGGTTCCATGGTATCTGgtaactaact ... caatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGT
tttttattcgcagtttgcaactgggtagcttgtctaacctttaaacaatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTTTAATTTTAACTGTTGCCAGTGAGGTTTTTGAGGAGTCAGGGAGGACAC
gtctaac putative branch site (score: 65)
tttaaacaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcaaaacaaacaaacaagcaaacaaattatgtcatttctaataatttttattcgcagtttgcaactgggtagcttgtctaacctttaaacaatcactagGATGATGGAACTGGACGTGTATATATGGTTGGTGCTCGTTCTGCAGCTGGTTTAATTTTAACTGTTGCCAGTGAGGTTTTTGAGGAGTCAGGGAGGACAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaactg