Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
       |  | || ||  | | | | || | ||   |       ||||| |||| | | |  |||||||| ||||  ||||||||  |||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
-----gttacagttcatgaggcagcctttctataaattct-----gttca-agaaattatat-ttacctgatcatgggcttgtttttatttcctttctgcagCGACAATGTTTGCAGCACAGTCAATTCTATTGGGCATCAATGATATTGTTGTAGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCTAATGCTCCAAAATACATTGCTGA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA14G00760.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
----gtttgaatcgaattta--tctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
    ||||  |   ||   |  ||| | |||   | |||| | |  |   |    | ||||    || ||||    ||| || ||| ||| |           ||||||| | ||| |||| ||||||   |||||||| || |  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| | |||||
gtgtgtttataataaaaacaattctatttgtttctttgtatttttatttaaaaatatagaaaaaggatatta----accttgttctggttat-----------tgcagCTGCAATGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G39870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgt---gtactctgctcagagttcacagaagtgagagatt-acctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
    | ||    ||| |||   ||   | |    ||| ||  ||       |  | |  |  ||  || |  ||     |  |||||  |           ||||||||| ||| |||||||||   | || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||
----gtatgctgtttttcttgttgatttggaagggtattccactattcccacttaaatatatgaattttaattggaagggtccttgtcat-----------tgcagCTACCATGCTTGCAGCACTCACCATACAATTTGGTCTCAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA17G00910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtttgaatcgaat-ttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgaga---gattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
         | || || | | | |||  ||||  | |  |    |  ||| ||| | |   |    | ||  |||   |    | |        |  |   ||||||||| ||| |||||||||   | || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||
---------gtatgttctttttttgttgttgttgatttggaagggtattc-cagtattcccacttaaatatatgaattttaattggaagggtccttttcattgcagCTACCATGCTTGCAGCACTCACCATACAATTCGGTCTCAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G47860.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
----gtttgaatcgaattta--tctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
    ||||      || |||  ||| | |||   | |||| | || | | |    | || |    || ||||    | | || ||| ||| |           ||||||| | ||| |||| ||||||   ||||||||  | || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| | |||||
gtttgtttattataaaattaattctatttgtttctttgtattttgtttaaaaaatataggaaaaggatatta----aacttgttctggttat-----------tgcagCTGCAATGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAAGCATAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G47720.4 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
         | | | | || |   | ||  | | ||   |     | |||    |  |   |  ||  |  |  |||| ||  ||  |||   ||    |||||   ||| | ||  | ||    || ||  | ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |  || |||||| |  | ||
---------gtaataaccttttattactcttcttctactccagatgatcattcgaacg---gtgtatatatcactgcttttacttcacttg--taacctcagCTGTAATGCTAGCGTCTCAAAGTATCCAGCTCGGCTTGAATGATATTGTTGTTGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCAAACGTACCTAAGTACCTCCCGGA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G48230.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
||  |||     ||      | ||  ||  || | | |  | ||| ||    ||  |||    ||     |   |  ||| ||||   |      | | ||||    ||| |||| || ||    || || || || ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||  | || ||
gtgagaact---ttggaacatttgcgctc-tgcatttt--ttagactttt--gatttgatgcttttgacaatgtttttctggtttgtttggtggtttttcagCGGTAATGATTGCTGCTCAAAGTATCCAGTTAGGGATCAATGATGTAGTTGTGGCGGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATACACCAAAATATTTGGCAGA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactc---tgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgc----tcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
  | || || |  ||||||||  |    | |  | |    |  |||    ||| |   |    | |||| |  |   |      | |  ||||  | | ||  || ||||||  |||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| | |   |
-gtagattcta--ttatctgtgggaaactataaatttgagttgtcaattatcatatgtggacaatattatcaaagtgtatgacttgtcctttttgtcttcttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGTATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTATA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv18s0089g00570.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA------
        |  | ||   |      || |   |||||   ||| |  |   |        | || ||   || |       |  ||  ||| | || |   | |  || ||||  |  |  ||  |    | |  |||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| | |  ||      
--------cacaattgaataaacagccata-atactcccttcaaaaattgaactttcagcaaatgactaaactaaagatcaggattattttacaattttttggtgata-gTTT--AAGAGGGTTGA---GAGTATGTAAAAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGAATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTAGATGCAAC

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtttgaatcgaatttatctgtctgt-ccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
||   | || |   |      | |   ||| |   || | | || |  | |||  |  | |  ||      | |||| |  | |||     |  ||  |||||| || ||| | |||||||||   || || |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  || || ||| | || ||
gtgccactctatcatcagaaacagcatcttttcctctttccccaaaactgacactaaagtgtaat------atcatggttct-tttaatgctggtaattgcagCAACAATGCTCGCAGCACAGAGTATCCAGTTGGGTGTCAATGATATTGTTGTGTCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395310|gb|EB819585.1|EB819585
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGGTT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTG-TT
EST: gi|78087735|gb|DV516128.1|DV516128
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148991412|gb|EE032913.2|EE032913
EST:     TCTTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTTGCAGCACAGTCAAATTCAATTGGGTATCAATGATATT
genomic: TCT-GTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTT-GCAGCACAGTCAA-TTCAATTGGGTATCAATGATATT
EST: gi|33771209|gb|CF273388.1|CF273388
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148999650|gb|EE036638.2|EE036638
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|149101180|gb|EE187290.2|EE187290
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|149017000|gb|EE045657.2|EE045657
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211492112|gb|FL334536.1|FL334536
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211211228|gb|FL354194.1|FL354194
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGAT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGAT
EST: gi|211145464|gb|FL359543.1|FL359543
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|76284260|gb|DV023828.1|DV023828
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|32864391|gb|CF004073.1|CF004073
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211372672|gb|FL327042.1|FL327042
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGGATATTTGT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATG-ATATT-GT
EST: gi|149081077|gb|EE170177.2|EE170177
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148983224|gb|EE029187.2|EE029187
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148965993|gb|EE016923.2|EE016923
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|149009773|gb|EE041672.2|EE041672
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211107249|gb|FL258173.1|FL258173
EST:     CTCCGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGGTATCAATGATATTGTT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGG-TATCAATGATATTGTT
EST: gi|76017959|gb|DT945129.1|DT945129
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|71327673|gb|DR800451.1|DR800451
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|31353258|gb|CD437615.1|CD437615
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|78091716|gb|DV520090.1|DV520090
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211107251|gb|FL258175.1|FL258175
EST:     CTCCGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|67042602|gb|CO468857.1|CO468857
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211107248|gb|FL258172.1|FL258172
EST:     CTCCGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CYACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGG
EST: gi|211033052|gb|FL319725.1|FL319725
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGT
EST: gi|211195416|gb|FL326468.1|FL326468
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAA
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAA
EST: gi|76921562|gb|DV168618.1|DV168618
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|50324587|gb|CO519713.1|CO519713
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA
                  acctgac  putative branch site (score: 3)
                        ccatgctcttgttttc  CT-rich tract
                                ttgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA