1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...catctggaaagccagaaacaaaatgtgttttgaaaatgttttaattaaatctcctgatgaaatttgtgtcacgctcgcgctcttatgacgcattgggcagGTCTTAGTAAAAAGGAGCTTCAAGATCTCGTGCAGGAGGGCGCAAAGTTGTTGATGAAAGCTGCTTGTGCTAAGCTGGGAAATGGAGATGAAGACCGCGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G864001_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCAGGATGATGAAAACATGAGAGGAGATATTCTCACATTGATCAATGAG GTCTTAGTAAAAAGGAGCTTCAAGATCTCGTGCAGGAGGGCGCAAAGTTGTEST: gi|71311168|gb|DR791894.1|DR791894
genomic: ACCAGGATGATGAAAACATGAGAGGAGATATTCTCACATTGATCAATGAGgtacacacat ... cattgggcagGTCTTAGTAAAAAGGAGCTTCAAGATCTCGTGCAGGAGGGCGCAAAGTTGT
EST: ACCAGGATGATGAAAACATGAGAGGAGATATTCTCACATTGATCAATGAG GTCTTAGTAAAAAGGAGCTTCAAGATCTCGTGCAGGAGGGCGCAAAGTTGT
genomic: ACCAGGATGATGAAAACATGAGAGGAGATATTCTCACATTGATCAATGAGgtacacacat ... cattgggcagGTCTTAGTAAAAAGGAGCTTCAAGATCTCGTGCAGGAGGGCGCAAAGTTGT
taaatctcctgatgaaatttgtgtcacgctcgcgctcttatgacgcattgggcagGTCTTAGTAAAAAGGAGCTTCAAGATCTCGTGCAGGAGGGCGCAAAGTTGTTGATGAAAGCTGCTTGTGCTAAGCTGGGAAATGGAGATGAAGACCGCGA
tcctgat putative branch site (score: 2)
atgaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catctggaaagccagaaacaaaatgtgttttgaaaatgttttaattaaatctcctgatgaaatttgtgtcacgctcgcgctcttatgacgcattgggcagGTCTTAGTAAAAAGGAGCTTCAAGATCTCGTGCAGGAGGGCGCAAAGTTGTTGATGAAAGCTGCTTGTGCTAAGCTGGGAAATGGAGATGAAGACCGCGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - -tgtgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacgctc