1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttgatttcttaacttacatattcttcatatgatagaatatatggagcatgttactgatagcaatcttgttcaatgctgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATGATTTCATTGCTGATGCTCTCAGAGGAACTGGGTACTATCAGAAGGCCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G840909_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|74244654|gb|DT652568.1|DT652568
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|211533256|gb|FL397681.1|FL397681
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|211111076|gb|FL388624.1|FL388624
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTCTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAEST: gi|93012688|gb|EB638208.1|EB638208
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGA
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|211194115|gb|FL380863.1|FL380863
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|94474369|gb|EB703327.1|EB703327
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|89252884|gb|DY624670.1|DY624670
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|5361194|gb|AI795614.1|AI795614
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATEST: gi|211162917|gb|FL392799.1|FL392799
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: GTGAGCCATGCCCAAWGTGTTTTGGTGCYGTTCATTTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATEST: gi|211377789|gb|FL432426.1|FL432426
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTAT
EST: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATGTATCCCGGATTAAG AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
atagaatatatggagcatgttactgatagcaatcttgttcaatgctgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATGATTTCATTGCTGATGCTCTCAGAGGAACTGGGTACTATCAGAAGGCCA
tactgat putative branch site (score: 2)
atatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgatttcttaacttacatattcttcatatgatagaatatatggagcatgttactgatagcaatcttgttcaatgctgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGATGATTTCATTGCTGATGCTCTCAGAGGAACTGGGTACTATCAGAAGGCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA