Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtgatgatgttggcatttgtgttctatgcgctgtgtttactgacactttaatctgaagctgtttgtccttttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTAAAGACTTCATCGGGGAAAGTTCTGAAATACGGCTCACTTATTATTTCTA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G828229_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G828229_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g05570.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtagtgatgatgttggcatttg----tgttctatgcgct---gtgtttactgacactttaatctgaagctgtttgtccttttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTAAAGACTTCATCGGGGAAAGTTCTGAAATACGGCTCACTTATTATTTCTA
|||||  |||   |    ||      | ||| ||| | |      |  | |   || |  |||||||||  || |  || || | | ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| ||||||| || || ||||||||||||||||
gtagtcttgacactattgttaaacattattcaatgtgtttgaaaatacagtatgacctctatctgaagccatt-gaactcttatta-agGTATTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCGTTTGATGGCAAAACACATACCTTAAAAACTTCATCAGGGAAAATTCTGAAGTATGGGTCACTTATTATTTCTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211467623|gb|FL333695.1|FL333695
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGA
EST: gi|149075601|gb|EE164139.2|EE164139
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|211149413|gb|FL321993.1|FL321993
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTT
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTT
EST: gi|211333832|gb|FL364099.1|FL364099
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGA
EST: gi|148990927|gb|EE032350.2|EE032350
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|21621068|gb|BQ619074.1|BQ619074
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|87156678|gb|DY401467.1|DY401467
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|148931379|gb|EC874296.2|EC874296
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|148931941|gb|EC875173.2|EC875173
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|148995891|gb|EE035131.2|EE035131
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|78103956|gb|DV522374.1|DV522374
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|211267804|gb|FL345561.1|FL345561
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|211157246|gb|FL334279.1|FL334279
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGC
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGC
EST: gi|211043461|gb|FL324043.1|FL324043
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGA
EST: gi|148957061|gb|EC903025.2|EC903025
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|19436377|gb|BM952787.1|BM952787
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|88750901|gb|DY535042.1|DY535042
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|213168062|gb|FM185604.1|FM185604
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|26558495|gb|CA830730.1|CA830730
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
EST: gi|6587631|gb|AW244949.1|AW244949
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTT
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTT
EST: gi|7242278|gb|AW574464.1|AW574464
EST:     CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAG                         GTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA
genomic: CTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 208

GGTTTCCATACATGCGTTGGATCTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTAAAGACTTCATCGGGGAAAGTTCTGAAATACGGCTCACTTATTATTTCTA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 190

GGTTTCCATACATGCGTTGGATCTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTAAAGACTTCATCGGGGAAAGTTCTGAAATACGGCTCACTTATTATTTCTA


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 111

GGTTTCCATACATGCGTTGGATCTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTAAAGACTTCATCGGGGAAAGTTCTGAAATACGGCTCACTTATTATTTCTA


Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 133

GGTTTCCATACATGCGTTGGATCTGGTGGACAGCGACAGACTGCTGAATGGTACAAGGAGAATGGTATAGAGgtagtgatga ... tttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTAAAGACTTCATCGGGGAAAGTTCTGAAATACGGCTCACTTATTATTTCTA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcgctgtgtttactgacactttaatctgaagctgtttgtccttttgtgatagGTGCTGTATGAGGATCCAGTTGTAGCATTTGATGGCAAAACGCAAACCTTAAAGACTTCATCGGGGAAAGTTCTGAAATACGGCTCACTTATTATTTCTA
                                  ctgtttgtcctttt  CT-rich tract
                    actttaat  TA-rich tract