Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtagttttttttctctatgtgcttagttatctctgttgtttgacatttttcatatatgtatagatctgtgtcacataacatttaatttgtgggacttagacctctctgatttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTCTGCAATAGTAATGCCTAGTAATTGAAAGTACAGGCATTGTAATTCTTCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G819212_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211290851|gb|FL314522.1|FL314522
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|211269504|gb|FL311290.1|FL311290
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAG
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAG
EST: gi|78074191|gb|DV502625.1|DV502625
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|21809854|gb|BQ668172.1|BQ668172
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|22521084|gb|BU079895.1|BU079895
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|211390914|gb|FL318343.1|FL318343
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATAATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCT
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATA-TGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCT
EST: gi|211135169|gb|FL439581.1|FL439581
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|6918525|gb|AW400055.1|AW400055
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|33467473|gb|CF244522.1|CF244522
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|211336107|gb|FL367026.1|FL367026
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCT
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCT
EST: gi|37381402|gb|CF627583.1|CF627583
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtgtcacataacatttaatttgtgggacttagacctctctgatttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTCTGCAATAGTAATGCCTAGTAATTGAAAGTACAGGCATTGTAATTCTTCA
       acataacatttaattt  TA-rich tract