Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtacttattagaacaaagtgtggatgtcttgtggttttgctattcacggttatatgtcatcttgtggagcttaccttgtttcgtttggttatagGACTATAATTCGCTGCCAGAGCCAGCTCCAAGGGAGCTTCCCAGGAATGAGGACCCGAATTTGGTGAGAAGAAATAAGAGGATGCTGGGGCAGCTTCTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G810275_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60353254|gb|DN220227.1|DN220227
EST:     AGAGGAGAGTG                         GACTATAATTCGCTGCCAGAGCCAGCTCCAAGGGAGCTTCCCAGGAATGAG
genomic: AGAGGAGAGTGgtgagtactt ... ttggttatagGACTATAATTCGCTGCCAGAGCCAGCTCCAAGGGAGCTTCCCAGGAATGAG
EST: gi|60355550|gb|DN222523.1|DN222523
EST:     AGGGATGGTGGCTTGCGGATGCAGAGGAGAGTG                         GACTATAATTCGCTGCCAGAGCCAGCTCCAAGGGAGCTTCCCAGGAATGAG
genomic: AGGGATGGTGGCTTGCGGATGCAGAGGAGAGTGgtgagtactt ... ttggttatagGACTATAATTCGCTGCCAGAGCCAGCTCCAAGGGAGCTTCCCAGGAATGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctattcacggttatatgtcatcttgtggagcttaccttgtttcgtttggttatagGACTATAATTCGCTGCCAGAGCCAGCTCCAAGGGAGCTTCCCAGGAATGAGGACCCGAATTTGGTGAGAAGAAATAAGAGGATGCTGGGGCAGCTTCTTG
                            agcttac  putative branch site (score: 3)
                                       tttcgttt  putative PPT
          ttatatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtacttattagaacaaagtgtggatgtcttgtggttttgctattcacggttatatgtcatcttgtggagcttaccttgtttcgtttggttatagGACTATAATTCGCTGCCAGAGCCAGCTCCAAGGGAGCTTCCCAGGAATGAGGACCCGAATTTGGTGAGAAGAAATAAGAGGATGCTGGGGCAGCTTCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT