1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ggggttttcggttttcctggatctaatagcttcattttttattgaaatatcacgtcaatccttccatttttttagtttacatcgaatgttgtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTCCTCTAGGCGAGCTTTTTGACCACG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G466281_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|76933447|gb|DV173462.1|DV173462
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|78108358|gb|DV526776.1|DV526776
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|76284393|gb|DV023961.1|DV023961
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|148930548|gb|EE285169.2|EE285169
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|148948015|gb|EC893516.2|EC893516
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|211250319|gb|FL201842.1|FL201842
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTEST: gi|149085392|gb|EE174899.2|EE174899
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|88756189|gb|DY540330.1|DY540330
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|88756155|gb|DY540296.1|DY540296
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTEST: gi|211250316|gb|FL201839.1|FL201839
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGT
EST: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAG ACTTTTGATGCT
genomic: CCCCCAGATGGGTTCACCTTGCTCATGGACTGCTTCTCTTTCTTTATCAGgtttgaaagt ... gtttatgcagACTTTTGATGCT
aatatcacgtcaatccttccatttttttagtttacatcgaatgttgtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTCCTCTAGGCGAGCTTTTTGACCACG
atttttttagtttaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggggttttcggttttcctggatctaatagcttcattttttattgaaatatcacgtcaatccttccatttttttagtttacatcgaatgttgtttatgcagACTTTTGATGCTGTGGATGGAAAACAAGCAAGGCGTACCAACTCATCAAGTCCTCTAGGCGAGCTTTTTGACCACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - ctggatc
- - - - - - - - - - - - - -agcttca