1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aatggcagtggcaaaagtgtcagattatcacagggcatccaaaacttatctttattctgttccgcgcatgaacttagttagtgttcattatcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCCAGAAAAAGTTTGTTGAACTATGGAATAAACACAAAGAAAGCAATGGGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G464137_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|71430316|gb|DR811366.1|DR811366
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|32929857|gb|CF034669.1|CF034669
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGGTCEST: gi|148938202|gb|EC882487.2|EC882487
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATATTATGCCCA-AATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATTGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|113701324|gb|EE678828.1|EE678828
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: CTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|40302815|gb|CK347202.1|CK347202
genomic: CTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: ACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|76913359|gb|DV165092.1|DV165092
genomic: ACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATTCTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|78087272|gb|DV515665.1|DV515665
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|110491169|gb|EE013417.1|EE013417
genomic: TGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|32929601|gb|CF034413.1|CF034413
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|32928909|gb|CF033721.1|CF033721
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGCCAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|71316025|gb|DR794701.1|DR794701
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|60352583|gb|DN219556.1|DN219556
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|149100124|gb|EE186179.2|EE186179
genomic: TCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCEST: gi|6445403|gb|AW179471.1|AW179471
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
ttatctttattctgttccgcgcatgaacttagttagtgttcattatcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCCAGAAAAAGTTTGTTGAACTATGGAATAAACACAAAGAAAGCAATGGGG
ttatcttct CT-rich tract
tttattct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatggcagtggcaaaagtgtcagattatcacagggcatccaaaacttatctttattctgttccgcgcatgaacttagttagtgttcattatcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTCCAGAAAAAGTTTGTTGAACTATGGAATAAACACAAAGAAAGCAATGGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - gcatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgaa