ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

...acaatctgtgcactgcaagtgcattcagtgttcttgctgctgctaatgcaggcaaatagcgcttgtaaactgacagccatgtttcaattttgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGTGGATCTTCCATGGAGTGATGTGTCAACATGAGCTAGCATAACATTCGTC

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G446960_T01
intron #	4
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G446960_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g73160.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4

acaatctgtgcactgcaagtgcattcagtgttcttgctgctgctaatgcaggcaaatagc-gcttgtaaactgaca----gccatgtttcaattttgt-ttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGTGGATCTTCCATGGAGTGATGTGTCAACATGAGCTAGCATAACATTCGTC
    | |      | || |  |  |  |||||        || || | ||   || |||| ||||||| ||| ||      ||   | | ||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| || || || || || || ||||||| ||| | |||||||||||||| | |  | | |  ||   ||||||   ||   |
----tatagcatgttcaggaaccctt-gtgttgacagcagtgatatt-cataaaagtagctgcttgtagactaacttgataccccttgtaaatcttggatgttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGTCGTGGCGGTGGTGGCGCATTCGGTGGTGGCGCATCTTCCATGGAGTAAAGCTTGATCGGGACGGAGCATATTGTTTTGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211459396|gb|FL082784.1|FL082784

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTG
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTG

EST: gi|71440182|gb|DR821232.1|DR821232

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|31405659|gb|CD484391.1|CD484391

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|211534990|gb|FL454707.1|FL454707

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATYTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCSCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|15499458|gb|BI595971.1|BI595971

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|74240592|gb|DT648506.1|DT648506

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|76018239|gb|DT945409.1|DT945409

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|37397301|gb|CF635946.1|CF635946

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCATATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|78084267|gb|DV512660.1|DV512660

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|18178336|gb|BM379546.1|BM379546

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGCCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|74244849|gb|DT652763.1|DT652763

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|166433835|gb|EG138752.1|EG138752

EST:     TGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|16378609|gb|BI992515.1|BI992515

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|60342121|gb|DN209094.1|DN209094

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|29130904|gb|CB381608.1|CB381608

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|71327344|gb|DR800282.1|DR800282

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|101393392|gb|EB818627.1|EB818627

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|71763591|gb|DR961528.1|DR961528

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|211351553|gb|FL082751.1|FL082751

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCA-CCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTTCG-TGCTGG
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTT-CGGTGCTGG

EST: gi|76919621|gb|DV167805.1|DV167805

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|26559094|gb|CA831329.1|CA831329

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|74235891|gb|DT643805.1|DT643805

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|31612061|gb|CD568683.1|CD568683

EST:     TGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCCAACCATCTTTTAGG                         GGGAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCC-AACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|74235890|gb|DT643804.1|DT643804

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|78105937|gb|DV524355.1|DV524355

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|101393390|gb|EB818626.1|EB818626

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|166496794|gb|EG075826.1|EG075826

EST:     TGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|4628412|gb|AI619286.1|AI619286

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|15427345|gb|BI543167.1|BI543167

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|71449328|gb|DR830378.1|DR830378

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|60396230|gb|DN229099.1|DN229099

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|211424548|gb|FL433278.1|FL433278

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATYTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|211353950|gb|FL082756.1|FL082756

EST:     TGGTGGTGATTAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGGCTTTGG
genomic: TGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTT-AGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGG-CTTTGG

EST: gi|71332585|gb|DR803267.1|DR803267

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|84980045|gb|DW530394.1|DW530394

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|78104589|gb|DV523007.1|DV523007

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|33467936|gb|CF244985.1|CF244985

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCG
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCG

EST: gi|60395475|gb|DN228345.1|DN228345

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|28931381|gb|CB334742.1|CB334742

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|13250007|gb|BG360910.1|BG360910

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|86470253|gb|DY236623.1|DY236623

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGCGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|33468118|gb|CF245167.1|CF245167

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|74235952|gb|DT643866.1|DT643866

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|60354161|gb|DN221134.1|DN221134

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|27522095|gb|CA989201.1|CA989201

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|15499445|gb|BI595958.1|BI595958

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|60355871|gb|DN222844.1|DN222844

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|60340302|gb|DN207275.1|DN207275

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|67023433|gb|CO452182.1|CO452182

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|29947674|gb|CB816778.1|CB816778

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|33092690|gb|CF052684.1|CF052684

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCCTTTCGGTGCTGG
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGC-TTTCGGTGCTGG

EST: gi|32802487|gb|CD954723.1|CD954723

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGC
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|166432687|gb|EG308739.1|EG308739

EST:     TGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|33098403|gb|CF058363.1|CF058363

EST:     TCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCCCGGTGGCGGCGGTGCCTTTCGGTGCTGG
genomic: TCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTG-CTTTCGGTGCTGG

EST: gi|61118694|gb|DN559655.1|DN559655

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|74235953|gb|DT643867.1|DT643867

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|78104590|gb|DV523008.1|DV523008

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|29543459|gb|CB603855.1|CB603855

EST:     AACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: AACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|211305381|gb|FL297294.1|FL297294

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|33093593|gb|CF053587.1|CF053587

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCCTTTCGGTGCTGG
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGC-TTTCGGTGCTGG

EST: gi|8665625|gb|BE186441.1|BE186441

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|71327347|gb|DR800283.1|DR800283

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|166559608|gb|EG264791.1|EG264791

EST:     CAGATTTCCAACCATCTTTTA-G                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTTGG
genomic: CAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCT-GG

EST: gi|74245943|gb|DT653857.1|DT653857

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCCTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|211403729|gb|FL082320.1|FL082320

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGGGGTGCTC-TGGAGATTTCCA-CCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTG
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTG

EST: gi|29545094|gb|CB605272.1|CB605272

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|32944386|gb|CF049205.1|CF049205

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCCCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|31612060|gb|CD568682.1|CD568682

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|87156968|gb|DY401757.1|DY401757

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

EST: gi|22521236|gb|BU080047.1|BU080047

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTG
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTG

EST: gi|86470252|gb|DY236622.1|DY236622

EST:     TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGG                         GGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT
genomic: TTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 515

TGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAGGGTGGTGCTCCTGCAGATTTCCAACCATCTTTTAGGgtatgttcta ... tgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGTGGATCTTCCATGGAGTGATGTGTCAACATGAGCTAGCATAACATTCGTC

Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 165

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 175

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 217

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgcaggcaaatagcgcttgtaaactgacagccatgtttcaattttgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGTGGATCTTCCATGGAGTGATGTGTCAACATGAGCTAGCATAACATTCGTC

                      aactgac  putative branch site (score: 217)
                                          ttttgtttttc  putative PPT
                                    tttcaattttgttttt  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acaatctgtgcactgcaagtgcattcagtgttcttgctgctgctaatgcaggcaaatagcgcttgtaaactgacagccatgtttcaattttgtttttcagGGTAGCAGACCTGGCTTTGGCCGCGGTGGCGGCGGTGCTTTCGGTGCTGGTGGATCTTCCATGGAGTGATGTGTCAACATGAGCTAGCATAACATTCGTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - ctgcaag
- - - - - - - - - -tgcattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccatgt