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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatttgctggtgccttttgtgttggctaattgctgcaataatttactgtgcatagcgtcccgagtgttggatttccagaataatgggcttctgtttggtgcagGATCATGTCAAGTCTTTATTCTGGCAGTGTCTGCATCTGGAACTACCAGACTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G443953_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71449170|gb|DR830220.1|DR830220
EST:     CAGAGGTCGGAGAGGGTCAAGTCCGTGGACCTGCATCCCACGGAACCATG                         GATCATGTCAAGTCTTTATTCTGGCAGTGTCTGCATCTGGAACTACCAGAC
genomic: CAGAGGTCGGAGAGGGTCAAGTCCGTGGACCTGCATCCCACGGAACCATGgtacatttgc ... tttggtgcagGATCATGTCAAGTCTTTATTCTGGCAGTGTCTGCATCTGGAACTACCAGAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcatagcgtcccgagtgttggatttccagaataatgggcttctgtttggtgcagGATCATGTCAAGTCTTTATTCTGGCAGTGTCTGCATCTGGAACTACCAGACTCAG
                                       cttctgttt  CT-rich tract
                            agaataat  TA-rich tract