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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgctgaacacgacagggcttacttttgcggccatttacattattttttgtctattatcctcactcgccctctattatgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G421857_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G421857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g07870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
------------gtgtgctgaacacgacagggcttacttttgcggccatttaca----ttattttttgtctattatcctcactcgccctctattatgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC
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gtacttcaagttgtgaatgtggagtaatttcatttattttttaagctccttgcactccttgtctgttaactcttgtcatgtcctttttcctatcgtgtttgcagCGCCCTCTGAAAACTATTGCTATTAAATCTGGAGATGTGTACATTCCGCGTGGTGTCTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGCTTTGTGGCATTTTAAGC

upper sequence: GRMZM2G421857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G00430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--gtgtgctgaacacga-cagggcttacttttgcggccatttacattattttttgtctattatcctcactcg--ccctctattatgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC
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gtgtgccttttccctaatcagaacattcactt-caattcttttcctttcttcgcctct-tccttctaacttaaatatttctttatcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGTGGTGTCTCTGTTCCAGCACTCGACAAAGATACACTTTGGGAATTTCAAC

upper sequence: GRMZM2G421857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G23990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgtgctgaacacgacagggcttacttttgcggccatttacattattttttgtctattatcctc--actcgccctctattatgttt--gcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC
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gtgtgccttttccc-taagcacaacattcacttcaattcttttcctttcttccccccttctttctaacttaaatatttctatatcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAACGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGTGGTGTCTCTGTTCCAGCACTCGACAAAGATACACTTTGGGAATTTCAAC

upper sequence: GRMZM2G421857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv09s0054g00890.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
---------------------------------------------------------------------gtgtgctgaaca----cgacagggcttactt---ttgcggccatttacattattttttgtctattatcctcactcgccctctattatgtt-tgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC
                                                                     | |  |||| ||    | |  | | ||  ||   || |  || ||      |    | || ||| |   |           | |||| |  ||||| | ||| | || ||||| || |  |  || || ||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| || | |||||||| ||||
gttcgtgtaaattctgatagataaagggtctcttaagctgtttcatattgttcaactttgactttgtttgagcactgatcagctgctattgagtttctttcattttcaaccgttctgcagagcactagtatataacgatgttctttttgttcttatttaatgcagAGGCCTTTGAAGACCATTGCAAAAATATCTGGTGATGTCTACATTCCTCGTGGTGTATCTGTTCCTGCACTTGACAAAGATATACTCTGGGAATTCCAGC

upper sequence: GRMZM2G421857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g02580.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
---gtgtgctgaacacgacagggcttacttttgcggccatttacattattttttgtc-tattatcctc------actcgccctctattatgtt--tgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC
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tatatggattcccaacatttttgtttattcaaatgggcagcattataggcttccacagtagaaatctctaatttaattgctttcttttgtattaatgcagAGGCCACTGAAGACTATTGCTAAGAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGTGGTGTTTCTGTCCCAGCCCTTGACAAAGATACACTATGGGAGTTCCAGC

upper sequence: GRMZM2G421857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S8_312V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
gtgtgc-tgaacacg-acagggcttacttttgcggccatttacattattttttgtcta-----ttatcctcactcgccctctattatgttt------gcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC
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-tatgcattaatatgcacatctgtctacttgaatgttatcatctctacttttagtcaagagacttcctttgacacgatatttgtggtatttccttgaacagCGGCCTTTGAAAGCTATTGCACTTCAGTGTCAGGATGTGTATATTCCTCGTGGAGTTGCAGTGCCTGCTCTTGATAGAAAGAGGCAGTGGGAATTCAAAC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18649012|gb|BM497831.1|BM497831
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211529173|gb|FL123439.1|FL123439
EST:     AGTTGAATTGGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATTCGCTATTAAG
genomic: AGTTGAATTGGG-ACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCAT-CGCTATTAAG
EST: gi|32925234|gb|CF030046.1|CF030046
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211152792|gb|FL123502.1|FL123502
EST:     AGTTGAATTGGG-CCTGGAATTCTTGGAAACAGTTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGT
genomic: AGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACA-TTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGT
EST: gi|211154405|gb|FL123524.1|FL123524
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211155994|gb|FL123529.1|FL123529
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|32848240|gb|CD987921.1|CD987921
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211538185|gb|FL123483.1|FL123483
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCC
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCC
EST: gi|32910759|gb|CF015571.1|CF015571
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211538177|gb|FL123475.1|FL123475
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTC
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTC
EST: gi|211541192|gb|FL123489.1|FL123489
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211152790|gb|FL123500.1|FL123500
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211538178|gb|FL123476.1|FL123476
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|148941860|gb|EC886839.2|EC886839
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211157601|gb|FL123549.1|FL123549
EST:     CAGTTGAATTGGG-CCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCCTCG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCC-TCG
EST: gi|211532177|gb|FL123451.1|FL123451
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGT
EST: gi|211155997|gb|FL123532.1|FL123532
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCCTCTAAAA
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACC-TCTAAAA
EST: gi|32934325|gb|CF039137.1|CF039137
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAGCCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211532180|gb|FL123454.1|FL123454
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGT
EST: gi|149070206|gb|EE158608.2|EE158608
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211538180|gb|FL123478.1|FL123478
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTA
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTA
EST: gi|6587652|gb|AW244970.1|AW244970
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCG
EST: gi|211529163|gb|FL123429.1|FL123429
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATANTTCCTCG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATA-TTCCTCG
EST: gi|211532173|gb|FL123447.1|FL123447
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAG
EST: gi|211541196|gb|FL123493.1|FL123493
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211532178|gb|FL123452.1|FL123452
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|32924704|gb|CF029516.1|CF029516
EST:     CAGTTGAATTGGGACCAGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211535173|gb|FL123462.1|FL123462
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211532171|gb|FL123445.1|FL123445
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGACACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211152796|gb|FL123506.1|FL123506
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211529167|gb|FL123433.1|FL123433
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211538176|gb|FL123474.1|FL123474
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCG
EST: gi|211535176|gb|FL123465.1|FL123465
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATG
EST: gi|211529165|gb|FL123431.1|FL123431
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTG
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTG
EST: gi|211156000|gb|FL123535.1|FL123535
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EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGT
EST: gi|211541195|gb|FL123492.1|FL123492
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGACCTCTAAAAACCATCGCCTATTAAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTC
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCG-CTATT-AAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTC
EST: gi|211535172|gb|FL123461.1|FL123461
EST:     CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG                         CGGCCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGAT
genomic: CAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAGgtgtgctgaa ... atgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatttacattattttttgtctattatcctcactcgccctctattatgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC
                          tcctcac  putative branch site (score: 2)
     tacattattttttgtc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtgtgctgaacacgacagggcttacttttgcggccatttacattattttttgtctattatcctcactcgccctctattatgtttgcagCGACCTCTAAAAACCATCGCTATTAAGTCAGGAGATGTGTATATTCCTCGTGGTGTTTCAGTTCCTGCCCTTGACAAAGATGTATTGTGGGAATTTCAGC

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