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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagcatatcaagacatttgctggattcagtattactgctttggtttcgtatagaggtaccctctcctgatgttgtaaccttggtttcttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G413857_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G413857_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g09670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtagcatatcaagacatttgctggattcagtattactgctttggtttcgtatagaggtaccctctcctgatgttgtaaccttggtttcttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA
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gtactgtatcacgacactggccaaattgcgcctta-taatcggctggtgctt---gatcgacgcctctaatgctgtgcttctggctttgctcatacagATTAGGATCTGTGATGTGTTTGGGTGTCACTGCCGGTGCCTACATTCTCACCCTCTTTGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89761919|gb|DY689741.1|DY689741
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|71443344|gb|DR824394.1|DR824394
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|26457201|gb|CA828784.1|CA828784
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|211436829|gb|FL403332.1|FL403332
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|71443847|gb|DR824897.1|DR824897
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttcgtatagaggtaccctctcctgatgttgtaaccttggtttcttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA
                             ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                   ccttggtttcttccct  CT-rich tract