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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagcatatcaagacatttgctggattcagtattactgctttggtttcgtatagaggtaccctctcctgatgttgtaaccttggtttcttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G413857_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G413857_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g09670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtagcatatcaagacatttgctggattcagtattactgctttggtttcgtatagaggtaccctctcctgatgttgtaaccttggtttcttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA
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gtactgtatcacgacactggccaaattgcgcctta-taatcggctggtgctt---gatcgacgcctctaatgctgtgcttctggctttgctcatacagATTAGGATCTGTGATGTGTTTGGGTGTCACTGCCGGTGCCTACATTCTCACCCTCTTTGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89761919|gb|DY689741.1|DY689741
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|71443344|gb|DR824394.1|DR824394
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|26457201|gb|CA828784.1|CA828784
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|211436829|gb|FL403332.1|FL403332
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|71443847|gb|DR824897.1|DR824897
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
EST: gi|67011356|gb|CO440105.1|CO440105
EST:     TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAG                         TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC
genomic: TCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 20

TTGGGAGCAGCTCCGATTTCAGCTGATGTGCCTGTGCCATCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA


Block sizes: 22 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 8

TTGGGAGCAGCTCCGATTTCAGCTGATGTGCCTGTGCCATCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA


Block sizes: 45 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 10

TTGGGAGCAGCTCCGATTTCAGCTGATGTGCCTGTGCCATCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 120

TTGGGAGCAGCTCCGATTTCAGCTGATGTGCCTGTGCCATCTGTCGACGACCTTGCAGATCAGGTTGCTGATGTCCTCGATTTTTTCAGgtagcatatc ... ttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttcgtatagaggtaccctctcctgatgttgtaaccttggtttcttccctgcagTTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA
                             ttgtaac  putative branch site (score: 120)
                                   ccttggtttcttccct  CT-rich tract