Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acagatactagaaactttatcttctatgaactgaaagtgatccctcatcatctgggttctattgttatgtgtcctaagtcgctcctctattctgctgcagGGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGGAATGCGTAGGGATTGGCATATACGCGATCCTATAACAGGCCTCACGATA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G406603_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G406603_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os06g39520.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
acagatactagaaactttatcttctatgaactgaaagtgatccctcatcatctgggttct---attgttatgtgtccta-agtcgctcctctattctgctgcagGGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGGAATGCGTAGGGATTGGCATATACGCGATCCTATAACAGGCCTCACGATA
  |   |  |   |   ||| |||| |||  ||  | | ||   || |  | ||    ||   | ||  ||||  || | | |        |||     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||| || |||||||||  || |||
--attgatcatgtatcatattttctgtgagatgtta-taattgttcgt-gtttgttacctgaaagtgccatgttgccaataattaacttcttatctgtgtgcagGGGTGATACTGTCGAAGTAGATACATGGGTTGGTGCTCATGGTAAAAATGGAATGCGCAGAGACTGGCATATACGTGATTCTGTAACAGGCCATACAATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76286316|gb|DV025884.1|DV025884
EST:     TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCCTGCTG                         GGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGT
genomic: TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCATGCTGgtatgatttc ... tctgctgcagGGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGT
EST: gi|32869619|gb|CF009301.1|CF009301
EST:     TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCATGCTG                         GGGTGATTTTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGG
genomic: TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCATGCTGgtatgatttc ... tctgctgcagGGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGG
EST: gi|148991055|gb|EE032501.2|EE032501
EST:     TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCATGCTG                         GGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGG
genomic: TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCATGCTGgtatgatttc ... tctgctgcagGGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGG
EST: gi|76289683|gb|DV029251.1|DV029251
EST:     TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCATGCTG                         GGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGG
genomic: TTCTGGGTGGTTAGCCAAATGCAGGCCATCATCGAGCGTTATCCATGCTGgtatgatttc ... tctgctgcagGGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catcatctgggttctattgttatgtgtcctaagtcgctcctctattctgctgcagGGGTGATACTGTTGAAGTAGATACATGGGTTAGTGCTAATGGTAAAAATGGAATGCGTAGGGATTGGCATATACGCGATCCTATAACAGGCCTCACGATA
                                 tcgctcctctattct  CT-rich tract
              tattgttat  TA-rich tract