1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagggatccaagcaacttaggaagagccttgtttttaaccactcttgtatgtatctgattggctgacactggatcgtcttcctcttatgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCAGATTGACACCTATGGCGAGAAGGGGTGGGTTGAGATTAAGAAGCAGTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G359018_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|161587439|gb|EY961051.1|EY961051
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGEST: gi|29543942|gb|CB604322.1|CB604322
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTG
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|211122709|gb|FL439144.1|FL439144
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: AAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|20508136|gb|BQ279910.1|BQ279910
genomic: AAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|32934217|gb|CF039029.1|CF039029
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGGCCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTACTGCACACAGTEST: gi|37374271|gb|CF623482.1|CF623482
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGT
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|213191862|gb|FM185649.1|FM185649
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|60395596|gb|DN228466.1|DN228466
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|31355597|gb|CD439954.1|CD439954
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|71440559|gb|DR821609.1|DR821609
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|211035914|gb|FK990121.1|FK990121
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|22546350|gb|BU098661.1|BU098661
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGCGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|29543376|gb|CB603772.1|CB603772
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|15589953|gb|BI674569.1|BI674569
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|211035916|gb|FK990123.1|FK990123
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCEST: gi|45847088|gb|CN071031.1|CN071031
genomic: GCTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
EST: CTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTG TGTTTGTGGTGCTGCACTCAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
genomic: CTTTCTGTCCTTGGAAGTTGCTGCAACTTATTGACCTTAGTCTACATTGgtaagggatc ... tgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATC
tcttgtatgtatctgattggctgacactggatcgtcttcctcttatgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCAGATTGACACCTATGGCGAGAAGGGGTGGGTTGAGATTAAGAAGCAGTA
ggctgac putative branch site (score: 46)
tcgtcttcctcttat putative PPT
tatgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagggatccaagcaacttaggaagagccttgtttttaaccactcttgtatgtatctgattggctgacactggatcgtcttcctcttatgcaaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTACCTGTCCTGTATGAGAAGTATGAGGATCAGATTGACACCTATGGCGAGAAGGGGTGGGTTGAGATTAAGAAGCAGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC