1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...cttcattcatcgcaaatacttgtgggctaatttttaacaaatacaatcattcatatttttaagcaaccacttattttgtatgctgtctcttccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACACTGAGAACGCACGATTTTACGGAGGTCCTGTCCAGGCATCTGATATCCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G328060_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACAEST: gi|32850410|gb|CD990091.1|CD990091
genomic: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAGgtatgttttg ... tccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
EST: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAG GCGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTCAATGGCGGCATAGTATCACCTAGAGACAEST: gi|50323048|gb|CO518174.1|CO518174
genomic: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAGgtatgttttg ... tccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
EST: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACAEST: gi|88752838|gb|DY536979.1|DY536979
genomic: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAGgtatgttttg ... tccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
EST: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACAEST: gi|32832100|gb|CD971778.1|CD971778
genomic: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAGgtatgttttg ... tccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
EST: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTCAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACAEST: gi|50323632|gb|CO518758.1|CO518758
genomic: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAGgtatgttttg ... tccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
EST: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACAEST: gi|166697089|gb|EG141519.1|EG141519
genomic: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAGgtatgttttg ... tccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
EST: CCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTCAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
genomic: CCGCATGTTATACATACAGTTGTAGCAAAGgtatgttttg ... tccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACA
atcattcatatttttaagcaaccacttattttgtatgctgtctcttccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACACTGAGAACGCACGATTTTACGGAGGTCCTGTCCAGGCATCTGATATCCT
ctgtctcttcc CT-rich tract
atatttttaagcaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttcattcatcgcaaatacttgtgggctaatttttaacaaatacaatcattcatatttttaagcaaccacttattttgtatgctgtctcttccatactagGTGCCTTTGTGGGCTGTGCGTTGAATGGCGGCATAGTATCAACTAGAGACACTGAGAACGCACGATTTTACGGAGGTCCTGTCCAGGCATCTGATATCCT
- -cattcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - taacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgtc