1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ctatcaatatattaaccattacataattctacacgcagaatctttttggttttgttatgttggtctgatggaatacatgtttggctgtccctccttacagTTACACAAAAGGTTTAGCGCCTGACTGTTGGTTAGCACATATGGACCGATTATTAACAGAAGGAGTCGATCAAGATGAGAAGAAGTCAATCGTGGAAAAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G327247_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCGAAAGAGTGCTATTTAATGAATGCTTGACGACTATGTTTATACCCAA TTACACAAAAGGTTTAGCGCCTGACTGTTGGTTAGCACATATGGACCGATTEST: gi|26456472|gb|CA828055.1|CA828055
genomic: CTCGAAAGAGTGCTATTTAATGAATGCTTGACGACTATGTTTATACCCAAgtattgtatc ... ctccttacagTTACACAAAAGGTTTAGCGCCTGACTGTTGGTTAGCACATATGGACCGATT
EST: CTCGAAAGAGTGCTATTTAATGAATGCTTGACGACTATGTTTATACCCAA TTACACAAAAGGTTTAGCGCCTGACTGTTGGTTAGCACATATGGACCGATT
genomic: CTCGAAAGAGTGCTATTTAATGAATGCTTGACGACTATGTTTATACCCAAgtattgtatc ... ctccttacagTTACACAAAAGGTTTAGCGCCTGACTGTTGGTTAGCACATATGGACCGATT
ttggttttgttatgttggtctgatggaatacatgtttggctgtccctccttacagTTACACAAAAGGTTTAGCGCCTGACTGTTGGTTAGCACATATGGACCGATTATTAACAGAAGGAGTCGATCAAGATGAGAAGAAGTCAATCGTGGAAAAC
gtctgat putative branch site (score: 5)
ctgtccctccttac putative PPT
tttgttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatcaatatattaaccattacataattctacacgcagaatctttttggttttgttatgttggtctgatggaatacatgtttggctgtccctccttacagTTACACAAAAGGTTTAGCGCCTGACTGTTGGTTAGCACATATGGACCGATTATTAACAGAAGGAGTCGATCAAGATGAGAAGAAGTCAATCGTGGAAAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - acacgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgtcc