1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtacgtacgtatacgtaggggttgttcgagatcgagatccatgcatgcatcttctatctattactattatatgtatatacatgcatgcatgcatatgctgcgtgcatgaatcatgaatgcagGATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGTCGGTGGGGACGAAGCTGCAGGGCATCATCTGCCGCATGGCGATCGACAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G325653_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTCCTCTGTGGGCTTCTGCTCTCATCTTCCTCTTCCTCAACGTCAATG GATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGTEST: gi|12047203|gb|BF729342.1|BF729342
genomic: TCCTCCTCTGTGGGCTTCTGCTCTCATCTTCCTCTTCCTCAACGTCAATGgtacgtacgt ... atgaatgcagGATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGT
EST: TCCTCCTCTGTGGGCTTCTGCTCTCATCTTCCTCTTCCTCAACGTCAATG GATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGTEST: gi|78179418|gb|DV549791.1|DV549791
genomic: TCCTCCTCTGTGGGCTTCTGCTCTCATCTTCCTCTTCCTCAACGTCAATGgtacgtacgt ... atgaatgcagGATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGT
EST: TCCTCCTCTGTGGGCTTCTGCTCTCATCTTCCTCTTCCTCAACGTCAATG GATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGT
genomic: TCCTCCTCTGTGGGCTTCTGCTCTCATCTTCCTCTTCCTCAACGTCAATGgtacgtacgt ... atgaatgcagGATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGT
tatatgtatatacatgcatgcatgcatatgctgcgtgcatgaatcatgaatgcagGATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGTCGGTGGGGACGAAGCTGCAGGGCATCATCTGCCGCATGGCGATCGACAT
tatatacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacgtacgtatacgtaggggttgttcgagatcgagatccatgcatgcatcttctatctattactattatatgtatatacatgcatgcatgcatatgctgcgtgcatgaatcatgaatgcagGATGGCACACCATGCTCTGGATCTCCATCATGCCGGTGGTGATCATCCTGTCGGTGGGGACGAAGCTGCAGGGCATCATCTGCCGCATGGCGATCGACAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG