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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattggatctatttgaacatctctttatgttttgttttaaattcaattcttcatgaacctgattacctgctatcctatattgaggaaaaacctagcacatgatgatcaatttatgtgtttttctaaatttcatttatttacataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATATGTTATTTGCGCAACATCGATGACGCGGATAAGTTGGTGAGTGTGATGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G320307_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78112090|gb|DV530486.1|DV530486
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|211343496|gb|FL158171.1|FL158171
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|74239090|gb|DT647004.1|DT647004
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|76282291|gb|DV021859.1|DV021859
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|211343497|gb|FL158172.1|FL158172
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGC
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGC
EST: gi|76294433|gb|DV034001.1|DV034001
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|149014462|gb|EE044078.2|EE044078
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|93282877|gb|EB675141.1|EB675141
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|101396936|gb|EB820393.1|EB820393
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|50324177|gb|CO519303.1|CO519303
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|93014386|gb|EB639906.1|EB639906
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|211341114|gb|FL158167.1|FL158167
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAG
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAG
EST: gi|74236111|gb|DT644025.1|DT644025
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|13198566|gb|BG354385.1|BG354385
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|148957305|gb|EC903342.2|EC903342
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|87155794|gb|DY400583.1|DY400583
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|148969919|gb|EE020823.2|EE020823
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|76015963|gb|DT943133.1|DT943133
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|31360581|gb|CD444938.1|CD444938
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|74233733|gb|DT641647.1|DT641647
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
EST: gi|148949714|gb|EC895192.2|EC895192
EST:     CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGG                         GCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA
genomic: CTGGTGAAACTATCAGCTACAAAACTCTAATTATTGCGACAGGTGCTCGGgtattggatc ... cataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cacatgatgatcaatttatgtgtttttctaaatttcatttatttacataatatagGCTTTGAAGCTGCAAGAATTTGGAATACAAGGTTCAGATGCTTCAAACATATGTTATTTGCGCAACATCGATGACGCGGATAAGTTGGTGAGTGTGATGA
                         ttctaaa  putative branch site (score: 2)
            aatttatgtgtttttc  TA-rich tract