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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgaagctataaaacctgcaaattctccgccatttaatcaacattgtgatctatcacttcagttgtaactgaccattgacttgttcttttttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCAGACACACTGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G179737_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G179737_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g03380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
---gtgaagctataaaacctgcaaattctccgccatttaatcaacattgtgatctatcact---tcagttgtaactgaccattgacttgttcttttttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCAGACACACTGAAG
   || ||  |||        ||| |  | |    | | ||     ||   || | ||| |   ||||||| |||||||   | |||| || ||  | |     |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |  |||||| |||||| ||||||
tatgtcaaattattgctagaccaagtaattcatgttatgat-gttgtttcaatttttcaatgcgtcagttgaaactgactgataacttattgttcctgt-----agCTACAATCGTCAGACATTTCTAAAGATAAGCAAGCTGATTCTACTTTAGTAGACACGCTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18385139|gb|BM418338.1|BM418338
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211029487|gb|FL265548.1|FL265548
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|16746113|gb|BM032543.1|BM032543
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|20507208|gb|BQ279531.1|BQ279531
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211029479|gb|FL265540.1|FL265540
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211027046|gb|FL265538.1|FL265538
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAA
EST: gi|211036859|gb|FL265587.1|FL265587
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211036857|gb|FL265585.1|FL265585
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAG
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAG
EST: gi|211039303|gb|FL265600.1|FL265600
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|71432608|gb|DR813658.1|DR813658
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|13198687|gb|BG354489.1|BG354489
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
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EST: gi|19350892|gb|BM895424.1|BM895424
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211034406|gb|FL265569.1|FL265569
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211031967|gb|FL265567.1|FL265567
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAG
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAG
EST: gi|19351534|gb|BM896066.1|BM896066
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211036870|gb|FL265598.1|FL265598
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211036856|gb|FL265584.1|FL265584
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|91054662|gb|EB165080.1|EB165080
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211027045|gb|FL265537.1|FL265537
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|110515503|gb|EE020091.1|EE020091
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|32942386|gb|CF047205.1|CF047205
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
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EST: gi|18384806|gb|BM418005.1|BM418005
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
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EST: gi|211034415|gb|FL265578.1|FL265578
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211029480|gb|FL265541.1|FL265541
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
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EST: gi|91054011|gb|EB164429.1|EB164429
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
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EST: gi|83279335|gb|DV943343.1|DV943343
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|149021621|gb|EE045803.2|EE045803
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
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EST: gi|5268511|gb|AI770475.1|AI770475
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
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EST: gi|211031961|gb|FL265561.1|FL265561
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EST: gi|148969450|gb|EE020256.2|EE020256
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|13198621|gb|BG354423.1|BG354423
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|60358592|gb|DN225565.1|DN225565
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|149087736|gb|EE287093.2|EE287093
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|16746010|gb|BM032440.1|BM032440
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211029485|gb|FL265546.1|FL265546
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|32831746|gb|CD971424.1|CD971424
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211079592|gb|FK945962.1|FK945962
EST:     TTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: TTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|88758213|gb|DY542354.1|DY542354
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211029490|gb|FL265551.1|FL265551
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGC
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGC
EST: gi|18384808|gb|BM418007.1|BM418007
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|7216914|gb|AW563036.1|AW563036
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAACAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211036867|gb|FL265595.1|FL265595
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCCAGCTTTAGC
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCC-AGCTTTAGC
EST: gi|211036864|gb|FL265592.1|FL265592
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211029478|gb|FL265539.1|FL265539
EST:     AGGATACTCAGAATAATGYTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|60398214|gb|DN231030.1|DN231030
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|211079594|gb|FK945964.1|FK945964
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|93012420|gb|EB637940.1|EB637940
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
EST: gi|18385304|gb|BM418503.1|BM418503
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCATTAGCA
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EST: gi|60398588|gb|DN231404.1|DN231404
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EST: gi|149110590|gb|EE294202.2|EE294202
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
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EST: gi|4610088|gb|AI600927.1|AI600927
EST:     AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAG                         CTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA
genomic: AGGATACTCAGAATAATGTTGATGTTGCCATTGTTTTTATTGGCTCAAAGgtacttaata ... ttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgatctatcacttcagttgtaactgaccattgacttgttcttttttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCAGACACACTGAAG
                                  cttgttctttttttta  CT-rich tract
                                      ttcttttttttactta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaagctataaaacctgcaaattctccgccatttaatcaacattgtgatctatcacttcagttgtaactgaccattgacttgttcttttttttacttagCTGCAATCGTCAGACATATCTAAAGATAAGCAAGTTGATCCAGCTTTAGCAGACACACTGAAG

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