Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattatgatgtccagaagcatgaacatctacctttcatctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G178807_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G178807_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattat-gatgtccagaagcatgaacatctacctttcatct-ctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG
                 | || | | || |   ||| |      | ||  |||| ||||| | | |  | ||     ||         | | | |  |  |||||||| || || |||||||| || ||| | || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | | || |   |||||    |||| |||
----------------gtatgtttacttccctgccata---cttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG

upper sequence: GRMZM2G178807_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattatgatgtccagaagcatgaacatctacctttcatctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG
               ||      || ||  |   ||   ||||   | ||| || |     |   |||      | || || | |   ||  | || ||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||  | ||||||||||| ||| |  | |   |||||  | | || || 
---------------gtaagtgaaagttcaactacattgattctcatggttcattacctgca---ccatggttcttaatatttgcaaatc--cacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAAGTTAACAAGCAGAGAATTGCTTTGACAGACAACTCTATTATTGAA

upper sequence: GRMZM2G178807_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattatgat-gtccagaagcatgaacatctacctttcatctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG
     |  |   |    ||| ||       |||||    | ||   |  | |   || |  |  |||  ||||  ||    | | |  |||   | | ||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| | ||||||||  |  | |   |||||  | |  | |||
---gtatgtatatacactctcat----cctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGATAGCTTTGACTGACAACTCTATTGTAGAG

upper sequence: GRMZM2G178807_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G13580.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattatga-tgtccagaagcatgaacat---ctacctttcatctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG
| |||    | ||  || || | | |||  ||||       |   ||| |||| | | || | |     | ||  | | |||   | ||  ||  | ||  ||||||||||||| | || ||||| | ||||||||| |||||| |||||| ||| ||||| ||| | ||||||| | |  | |   ||||   | |  | || 
gtacc---cctcttcgtgcttaca-tttcaaaacttt---cttttcttatttaacctcattagtaagtggtagtcttaccatggacgactcttgttttcctcagATACCCGAACTTAAAAAGTGTGAAGGAATTGATTTACAAACGAGGTTTTGGAAAGCTTAACCACCAGAGGACTGCCTTAACAGACAATTCTATTGTAGAT

upper sequence: GRMZM2G178807_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT2G44120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattatgatgtccagaagcatgaacatctacctttcatctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG
| |   ||||  ||| |     |   ||||||       |||        | | |  |||| ||  |  || |   |  || || ||        | ||||||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  | ||||   |||||    |  | || 
gtatgcaatc--tgattctctct--ctttcaat---aggattatgtaaactaaactatatgctgctctaaaccg-aatgatatatct------ggtgcagATACCCAAACTTGAAGAGCGTTAAGGAACTGATCTACAAAAGAGGTTATGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCACTTACTGACAACTCCATTGTGGAT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22819037|gb|BU499127.1|BU499127
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|32907331|gb|CF012144.1|CF012144
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|21809686|gb|BQ668004.1|BQ668004
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|16925138|gb|BM078206.1|BM078206
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|33467551|gb|CF244600.1|CF244600
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|148962866|gb|EE013792.2|EE013792
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|211270703|gb|FL364931.1|FL364931
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACMAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|21809687|gb|BQ668005.1|BQ668005
EST:     AGGCCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGCTTAGGGCAATTGATCTACAAAAGAGGTTAT
genomic: AGGC-AACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTG-TTAGGG-AATTGATCTACAAAAGAGGTTAT
EST: gi|40336077|gb|CK370147.1|CK370147
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|32842374|gb|CD982055.1|CD982055
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|101391784|gb|EB817821.1|EB817821
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|67018344|gb|CO447093.1|CO447093
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|31405644|gb|CD484376.1|CD484376
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|22545710|gb|BU098069.1|BU098069
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|15632585|gb|BI679678.1|BI679678
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|211320069|gb|FL327290.1|FL327290
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGARGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGT
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGT
EST: gi|32915527|gb|CF020339.1|CF020339
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGGGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|32840388|gb|CD980069.1|CD980069
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|37381083|gb|CF627398.1|CF627398
EST:     GGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: GGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|148947939|gb|EC893437.2|EC893437
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|211375660|gb|FL343002.1|FL343002
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|110223383|gb|EC905281.1|EC905281
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|50328295|gb|CO523421.1|CO523421
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|211231342|gb|FL356545.1|FL356545
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGT
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|113702123|gb|EE679627.1|EE679627
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|67023746|gb|CO452495.1|CO452495
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACANAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|31910667|gb|CD651539.1|CD651539
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|45847255|gb|CN071198.1|CN071198
EST:     GGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: GGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|91872513|gb|EB402470.1|EB402470
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|211438494|gb|FL357614.1|FL357614
EST:     AGGCAACTATCTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTANGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTTAT
genomic: AGGCAACTAT-TAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTA-GGGAATTGATCTACAAAAGAGGTT-AT
EST: gi|60354171|gb|DN221144.1|DN221144
EST:     AAGGCAACAATTACCATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTG-AAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATG
EST: gi|5058614|gb|AI737090.1|AI737090
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|5566791|gb|AI881657.1|AI881657
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|211103246|gb|FL316732.1|FL316732
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|31405645|gb|CD484377.1|CD484377
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|60350549|gb|DN217522.1|DN217522
EST:     ATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: ATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|50328294|gb|CO523420.1|CO523420
EST:     ATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: ATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|32841631|gb|CD981312.1|CD981312
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|14717708|gb|BI245358.1|BI245358
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|78023627|gb|DV492014.1|DV492014
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGAGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTTTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|32841234|gb|CD980915.1|CD980915
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|110492395|gb|EE013791.1|EE013791
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|148959152|gb|EE010619.2|EE010619
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|15660843|gb|BI698214.1|BI698214
EST:     AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: gi|211386266|gb|FL454544.1|FL454544
EST:     GCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG                         ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: GCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgtttatcattatgatgtccagaagcatgaacatctacctttcatctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG
                                   tctacctttcatctct  CT-rich tract
     ttatcattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattatgatgtccagaagcatgaacatctacctttcatctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT