1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagttttctgcttcccttcccttgcacaccattctatgccatatcatggttgcctgaactgttaatccatttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTATGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G174644_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGGTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|19351392|gb|BM895924.1|BM895924
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|13150716|gb|BG321038.1|BG321038
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGEST: gi|74244334|gb|DT652248.1|DT652248
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTG
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|211271998|gb|FK970181.1|FK970181
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGEST: gi|50328677|gb|CO523803.1|CO523803
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTG
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|148954837|gb|EC900310.2|EC900310
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGGTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCTTATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|149078287|gb|EE167049.2|EE167049
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|211454955|gb|FL196639.1|FL196639
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: TGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|71326510|gb|DR799932.1|DR799932
genomic: TGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGTAGCCTTEST: gi|94475418|gb|EB704376.1|EB704376
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|148995971|gb|EE035219.2|EE035219
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|20507134|gb|BQ279500.1|BQ279500
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|28909493|gb|CB331845.1|CB331845
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACCTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|76011657|gb|DT938827.1|DT938827
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|148940242|gb|EC885014.2|EC885014
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|78116426|gb|DV534813.1|DV534813
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTEST: gi|71326507|gb|DR799931.1|DR799931
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGTAGCCTTEST: gi|149084040|gb|EE173435.2|EE173435
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
tgcacaccattctatgccatatcatggttgcctgaactgttaatccatttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTATGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT
tgttaat putative branch site (score: 243)
tccatttttc CT-rich tract
atttttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttttctgcttcccttcccttgcacaccattctatgccatatcatggttgcctgaactgttaatccatttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTATGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG