Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagagatgcggacatgaacaactcgatggtatattaacataatctgctgttatgctcaacattaaacggatcttattgcataatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168510_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168510_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g10784.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
----------------------------gtaaagagatgcggacatgaacaactcgatggtatattaacataatctgctgttatgctcaacattaaacggatcttattgcataatcccaca---gGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
                            |      | | |  ||||      | |  ||  |  |  ||| |   || || |||  |   | |   ||  |  ||  |  ||||||| |||   |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
gtaaaacctaagaggaagctataatgttgccttttgtttcttacattgctttcccagtgacac-tccacaaataatgatgatattgtactcttgggacttaatttgatatataatcctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG

upper sequence: GRMZM2G168510_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g10784.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
----------------------------gtaaagagatgcggacatgaacaactcgatggtatattaacataatctgctgttatgctcaacattaaacggatcttattgcataatccca---cagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG--------------
                            |      | | |  ||||      | |  ||  |  |  ||| |   || || |||  |   | |   ||  |  ||  |  ||||||| |   |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||              
gtaaaacctaagaggaagctataatgttgccttttgtttcttacattgctttcccagtgacac-tccacaaataatgatgatattgtactcttgggacttaatttgatatataatcctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGGGTAAACTTCTACAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31362214|gb|CD446571.1|CD446571
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|60359317|gb|DN226290.1|DN226290
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|16927330|gb|BM080399.1|BM080399
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|60340487|gb|DN207460.1|DN207460
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|71307283|gb|DR789816.1|DR789816
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|76910910|gb|DV164091.1|DV164091
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|5871261|gb|AW017732.1|AW017732
EST:     GCATTGCAAGGACTTCGGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|16917526|gb|BM073324.1|BM073324
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|60400102|gb|DN232909.1|DN232909
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|74236360|gb|DT644274.1|DT644274
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|60398159|gb|DN230975.1|DN230975
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|5325089|gb|AI783280.1|AI783280
EST:     GCATTGCAAGGACTTCGGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|4681194|gb|AI629864.1|AI629864
EST:     AAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: AAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|113636528|gb|DW798236.1|DW798236
EST:     CATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATTGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCA
genomic: CATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGAT-GGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCA
EST: gi|50323771|gb|CO518897.1|CO518897
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|18164292|gb|BM334131.1|BM334131
EST:     GCATTGCAAGAACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|211183212|gb|FL204166.1|FL204166
EST:     GCATTGCAAGGACTTCGGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCAAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|71763878|gb|DR961815.1|DR961815
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|211051797|gb|FL187615.1|FL187615
EST:     GCATTGCAAGGACTTCGGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|33101621|gb|CF061581.1|CF061581
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|6022160|gb|AW067088.1|AW067088
EST:     TTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCNCCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: TTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|12972513|gb|BG268019.1|BG268019
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCCCCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|4730747|gb|AI649913.1|AI649913
EST:     GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 108

CTTGATGGTGGAGGTGTTGCAAGCGGTGGGCTACGAGAACTAATACCGTGCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 64

CTTGATGGTGGAGGTGTTGCAAGCGGTGGGCTACGAGAACTAATACCGTGCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 114

CTTGATGGTGGAGGTGTTGCAAGCGGTGGGCTACGAGAACTAATACCGTGCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 45

CTTGATGGTGGAGGTGTTGCAAGCGGTGGGCTACGAGAACTAATACCGTGCATTGCAAGGACTTCTGTTGCTGTTGGTGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaagagat ... aatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acataatctgctgttatgctcaacattaaacggatcttattgcataatcccacagGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
 tattaac  putative branch site (score: 45)
                     aacattaaa  TA-rich tract