Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgctcatcctgccttcttttctttttgtggagactttctttctgactattggtattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G164265_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G164265_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g07560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgttgctcatcctgccttcttttctttttgtggagactttcttt--------------ctgactattggtattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT
||||||   | || | | | |||||  ||| |         |||| |              |||| ||||    ||   | |||| | ||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
gtatgtacttaatacagtcatctttcatttgtaccagattattctctgctctttgagtttactgattattaccttt-cctactagTAATCTTAATGGCTGCTATGGCATACCAGCTGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATTCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020152|gb|CO448901.1|CO448901
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|149102516|gb|EE188222.2|EE188222
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|18654924|gb|BM499729.1|BM499729
EST:     ANCAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|18661950|gb|BM501665.1|BM501665
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|148950416|gb|EC895983.2|EC895983
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|71430775|gb|DR811825.1|DR811825
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|148950557|gb|EC896134.2|EC896134
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGG
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 157

GTCGCATTGAAATTAGAGCATCGAAACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 115

GTCGCATTGAAATTAGAGCATCGAAACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 90

GTCGCATTGAAATTAGAGCATCGAAACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 102

GTCGCATTGAAATTAGAGCATCGAAACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccttcttttctttttgtggagactttctttctgactattggtattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT
                             ttctgac  putative branch site (score: 102)
      ttttcttttt  TA-rich tract