Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgctcatcctgccttcttttctttttgtggagactttctttctgactattggtattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G164265_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G164265_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g07560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgttgctcatcctgccttcttttctttttgtggagactttcttt--------------ctgactattggtattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT
||||||   | || | | | |||||  ||| |         |||| |              |||| ||||    ||   | |||| | ||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
gtatgtacttaatacagtcatctttcatttgtaccagattattctctgctctttgagtttactgattattaccttt-cctactagTAATCTTAATGGCTGCTATGGCATACCAGCTGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATTCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020152|gb|CO448901.1|CO448901
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|148950416|gb|EC895983.2|EC895983
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|18654924|gb|BM499729.1|BM499729
EST:     ANCAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|18661950|gb|BM501665.1|BM501665
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|149102516|gb|EE188222.2|EE188222
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|148950557|gb|EC896134.2|EC896134
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGG
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGG
EST: gi|71430775|gb|DR811825.1|DR811825
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCTCCATATGAGTGGCAGGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccttcttttctttttgtggagactttctttctgactattggtattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATACTT
                             ttctgac  putative branch site (score: 2)
      ttttcttttt  TA-rich tract