Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgttgtttcatccatcattccttcattgtttcgaatgttagtgatgcatgactccttcattggatttgaatgttcgtgatttgctgacatgaaacttccgtttctgatgtttgttactttgtggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G162284_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G162284_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g37910.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagtgttgtttcatccatcattccttcattgtttcgaatgttagtgatgcatgactccttcattggatttgaatgttcgtgatttgctgacatgaaacttccgtttctgatgtttgttactttgtggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
                                      |  ||   |       |   | |   || | || ||| | | |||  || | |    || | ||    ||||||  || |||    ||   ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| 
-----------------------------------gtaagcgtcgttttcctccgctgcgtctcttcgtttcgaacggttgtggatttc-gcttcgacattttgtgttctgac-ttggttttggtggaaatcgcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACAAGTGGAAGTCCATGACTGATGCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22472639|gb|BU037119.1|BU037119
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|67041980|gb|CO468235.1|CO468235
EST:     CCCAATGTGCAGCAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: CCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|31359518|gb|CD443875.1|CD443875
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAGGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|67015235|gb|CO443984.1|CO443984
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAGCAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|211010350|gb|FL233636.1|FL233636
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|14203924|gb|BG837601.1|BG837601
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|26558436|gb|CA830671.1|CA830671
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|21891488|gb|BQ744701.1|BQ744701
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|211010348|gb|FL233634.1|FL233634
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|28984233|gb|BQ539002.2|BQ539002
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|211010355|gb|FL233641.1|FL233641
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAGCAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|71436984|gb|DR818034.1|DR818034
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|211010351|gb|FL233637.1|FL233637
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|211010356|gb|FL233642.1|FL233642
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAGCAAGTCTCAGTC                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|4874486|gb|AI674006.1|AI674006
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCNCCCCAATGTGAANCAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|78112438|gb|DV530832.1|DV530832
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|211159313|gb|FL469871.1|FL469871
EST:     AAGTCTCAGTC                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: AAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|33100122|gb|CF060082.1|CF060082
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAGCAAGTCTCAGAC                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|87155374|gb|DY400163.1|DY400163
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTG                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
EST: gi|211010354|gb|FL233640.1|FL233640
EST:     TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAGCAAGTCTCAGTC                         ATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
genomic: TCAGGAAGGACTACAAGGAGAAGCACCCCAATGTGAAACAAGTCTCAGTGgtaagtgttg ... tggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatttgctgacatgaaacttccgtttctgatgtttgttactttgtggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC
                                 tttgtta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtgttgtttcatccatcattccttcattgtttcgaatgttagtgatgcatgactccttcattggatttgaatgttcgtgatttgctgacatgaaacttccgtttctgatgtttgttactttgtggatgtcagATTGGCAAGGCTGGTGGTGACATGTGGAAGTCCTTGTCTGATGCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG