Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtgaaattctgtctcatgtcgccacattttgtttccttattagttcaggacacaaactaaatgtgcgtgccatgggatgcaactccaaaaatctatccttgctttgttttgtttactgaaccacaacaattcactgtctgatttccttctttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G160569_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G160569_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g44070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gttagtgaaattctgtctcatgtcgccacattttgtttccttattagttcaggacacaaactaaatgtgcgtgccatgggatgcaactccaaaaatctatccttgctttgttttgtttactgaaccacaacaattcact-gtctgatttccttctttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG
                                                           |||  |  | |   | |    ||  |   |  || ||  ||  ||   || ||||   |||||||| |||    |||| |  || || ||     | |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||| |||
----------------------------------------------------------tacttcacatccccccaaaaaaat-tactacataatatacatgtttatgttttttt--ctactgaactacatgggttcatttatcagagttt----tctttctccagTCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGTATTTGGCAGGCTGCTATGGATGATCTGATGGCCCAAGGAATGAGATATGCTAACCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76020752|gb|DT947922.1|DT947922
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|67013089|gb|CO441838.1|CO441838
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAAGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|149110301|gb|EE190341.2|EE190341
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|67018103|gb|CO446852.1|CO446852
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|76932741|gb|DV173142.1|DV173142
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|149014463|gb|EE044079.2|EE044079
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|9254630|gb|BE345098.1|BE345098
EST:     AGGTCCGGGACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATT
EST: gi|148980469|gb|EE027156.2|EE027156
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|31356050|gb|CD440407.1|CD440407
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|93016717|gb|EB642237.1|EB642237
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|50332178|gb|CO527304.1|CO527304
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|149066716|gb|EE286857.2|EE286857
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|149085225|gb|EE174733.2|EE174733
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|148953388|gb|EE152882.2|EE152882
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|149028342|gb|EE286117.2|EE286117
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|149101142|gb|EE187250.2|EE187250
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|78075695|gb|DV504129.1|DV504129
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|32837541|gb|CD977219.1|CD977219
EST:     ACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: ACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
EST: gi|149009227|gb|EE041332.2|EE041332
EST:     AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCG                         GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT
genomic: AGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 106

ATTTCTACAACTGGAATAGAGTGAAGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 190

ATTTCTACAACTGGAATAGAGTGAAGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 86

ATTTCTACAACTGGAATAGAGTGAAGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 236

ATTTCTACAACTGGAATAGAGTGAAGGTCCGGTACTGTGATGGTGGATCTTTCACTGGTGATGGCTCTGATGCGgttagtgaaa ... ttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttttgtttactgaaccacaacaattcactgtctgatttccttctttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG
                              gtctgat  putative branch site (score: 236)
                        ttcactgtctgatttc  CT-rich tract
                                            tttttcttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtgaaattctgtctcatgtcgccacattttgtttccttattagttcaggacacaaactaaatgtgcgtgccatgggatgcaactccaaaaatctatccttgctttgttttgtttactgaaccacaacaattcactgtctgatttccttctttttctttagGCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA