1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tggccttatgcatttatgctgcttgtaatgaactattattccgtcataactaccagttactcatcatgtgctcttttttttattaaaaaaatggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATATCCACCAAGCAAGGAGATGGATGCCAAGTTAAGAGACGAGGAGGCTAGAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G156251_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGAN NNNNNNNCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATATEST: gi|78180467|gb|DV550840.1|DV550840
genomic: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcct ... atggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
EST: CTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGAN NNNNNNNCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATATEST: gi|67028072|gb|CO456821.1|CO456821
genomic: CTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcct ... atggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
EST: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGAT NTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
genomic: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcct ... atggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
ataactaccagttactcatcatgtgctcttttttttattaaaaaaatggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATATCCACCAAGCAAGGAGATGGATGCCAAGTTAAGAGACGAGGAGGCTAGAA
tcataac putative branch site (score: 121)
tcttttttttattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggccttatgcatttatgctgcttgtaatgaactattattccgtcataactaccagttactcatcatgtgctcttttttttattaaaaaaatggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATATCCACCAAGCAAGGAGATGGATGCCAAGTTAAGAGACGAGGAGGCTAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - -atgcatt
- - - - - - - - -gctgctt