Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttttttttaactctatggatttaatcaattgtcatctgctcaactgtttcgaaacaacatggtatccagtaaggaaaacacttaccctccttttctgtgtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G155021_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G155021_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g40570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgcttttttttaactctatggatttaatcaattgtcatctgctcaactgtttcgaaacaacatggtatccagtaaggaaaacacttaccctccttttctg--tgtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG
                      | ||||  |     | | ||   |    | |||  |||  ||||   ||     | | |   || |||   |  |||| ||  || |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
----------------------gtatttt-tgggcagccctccatttctttttttttaaa--acatccaatatgacaggcattgcaattaatattattttttggctgccttaacagCTTGAACTCCAGTACCTTCATGAATATGCTGGCATCAATGCAAGTGTTGGCCTGAATTCCAATCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGTCTTTGGAAGCAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76287240|gb|DV026808.1|DV026808
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|211331694|gb|FL020929.1|FL020929
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|22521527|gb|BU080338.1|BU080338
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|13126669|gb|BG317239.1|BG317239
EST:     GTCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: G-CTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|71432321|gb|DR813371.1|DR813371
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|211331700|gb|FL020935.1|FL020935
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|33102963|gb|CF062923.1|CF062923
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAGG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|71425209|gb|DR806571.1|DR806571
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|78112262|gb|DV530656.1|DV530656
EST:     CAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: CAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|211331696|gb|FL020931.1|FL020931
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|67041269|gb|CO467524.1|CO467524
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|21987817|gb|BQ779345.1|BQ779345
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|20512879|gb|BQ280071.1|BQ280071
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|211331704|gb|FL020939.1|FL020939
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|33102108|gb|CF062068.1|CF062068
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|101397701|gb|EB820731.1|EB820731
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|88752281|gb|DY536422.1|DY536422
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|22472298|gb|BU036778.1|BU036778
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|74244464|gb|DT652378.1|DT652378
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|211331699|gb|FL020934.1|FL020934
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|211331695|gb|FL020930.1|FL020930
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|37423435|gb|CF649445.1|CF649445
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|91874353|gb|EB404310.1|EB404310
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|67020552|gb|CO449301.1|CO449301
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|78112263|gb|DV530657.1|DV530657
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|211331701|gb|FL020936.1|FL020936
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAATACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|71425206|gb|DR806570.1|DR806570
EST:     TTTGGTTG-TCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGTTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: TTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|71432320|gb|DR813370.1|DR813370
EST:     AATCAATTATCAATTTGGTTTTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: AATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
EST: gi|32907826|gb|CF012639.1|CF012639
EST:     GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAG                         CTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG
genomic: GGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 95

CTTTTGACAACAATCACTGTCGATGAGTTTGGTACTCCAGGGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 178

CTTTTGACAACAATCACTGTCGATGAGTTTGGTACTCCAGGGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 75

CTTTTGACAACAATCACTGTCGATGAGTTTGGTACTCCAGGGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 261

CTTTTGACAACAATCACTGTCGATGAGTTTGGTACTCCAGGGCTAAAATCAATTATCAATTTGGTTGTTCCAGACCAGAGGTCAGGGAAGgtatgctttt ... gtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaacatggtatccagtaaggaaaacacttaccctccttttctgtgtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG
                         cacttac  putative branch site (score: 261)
                           cttaccctccttttct  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcttttttttaactctatggatttaatcaattgtcatctgctcaactgtttcgaaacaacatggtatccagtaaggaaaacacttaccctccttttctgtgtcttatcagCTTGAATTCCAGTACCTACATGAATATGCTGGTGTGAATGCAAGCGTCGGGCTTAATTCCAACCCTATGGTTAACCTTTCTGGTGCCTTTGGAAGCAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG