Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactctttagatgaaattatgtaccccctgcccgttctcgattttttatggacgttctatctcgttatgcagGCACCGACATGCAGCTGCTGCAGTAGCTTCAAAAATTTATGTATTTGGCGGACTCAGTAATGAAGGCATATATTCTTGTATGAATGTATTAGACACAAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G154574_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G154574_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g33100.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--------------------------------------------------------------------------------gtactctttag--atgaaattatgtaccccctgcccgttctcgattt--tttatggacgttctatctcgtt--atgcagGCACCGACATGCAGCTGCTGCAGTAGCTTCAAAAATTTATGTATTTGGCGGACTCAGTAATGAAGGCATATATTCTTGTATGAATGTATTAGACACAAAA
                                                                                 |   |   ||  ||| |||||  | |         |    | ||||  || | ||| ||| | | |  ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |   ||| | ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||| ||| |||||| |||||  || | ||||||  |
gtattgtttagacgaaattctttatatctaattttcttttgtaccaaataaaaaaatgctaaaaatagtgctaactagctatgtccaaaagttatggaattagtttcttgaaaatagcaacccatttgcttcagggaagttatgtgtttttcaatgcagGCACCGACATGCTGCTGCTGCAGTAGATCGCAAAGTATATGTCTTTGGTGGACTAAGTGATGATGGCTTATGTTCTTGCATGAACATAATGGACACAGCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtaccccctgcccgttctcgattttttatggacgttctatctcgttatgcagGCACCGACATGCAGCTGCTGCAGTAGCTTCAAAAATTTATGTATTTGGCGGACTCAGTAATGAAGGCATATATTCTTGTATGAATGTATTAGACACAAAA
                                     ttctatctc  CT-rich tract
                       attttttat  TA-rich tract