1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...taggcaaatatcttatttcggccgtagttccatactctagagcgttacaacttcactatgtttggttgctattacacatcgaatgccaaattgtgttcagCGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAGAGAGCAGAGGAGAAGCTTAGAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G154278_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAATCGATGCAGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGTGATGATGAGAG CGATGAAGATGGCGACGACGACGACCCCGAAGCTTTAATGGCAGAGCTTGAEST: gi|31558163|gb|CD527375.1|CD527375
genomic: GAAATCGATGCAGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGTGATGATGAGAGgtctgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: GAAATCGATGCAGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGTGATGATGAGAG CGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAEST: gi|211076270|gb|FL148939.1|FL148939
genomic: GAAATCGATGCAGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGTGATGATGAGAGgtctgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: GAAATCGATGCAGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGTGATGATGAGAG CGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCAGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGTGATGATGAGAGgtctgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
tacaacttcactatgtttggttgctattacacatcgaatgccaaattgtgttcagCGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAGAGAGCAGAGGAGAAGCTTAGAAAG
tatgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taggcaaatatcttatttcggccgtagttccatactctagagcgttacaacttcactatgtttggttgctattacacatcgaatgccaaattgtgttcagCGATGAAGATGGCGACGACGACGACACCGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAGAGAGCAGAGGAGAAGCTTAGAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - catactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgcc