1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttctatttttctgctttagatttcatccccttttcctttcatgattatgctatcattgttatgttactcatattttgttatgtgatacttttgaatgtagCTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAGTGGCCACAGTTGTGGCAGGTTCACTGATGATCAGACTAAGAAGACAGAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G153611_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTG CTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAGEST: gi|18964471|gb|BM661025.1|BM661025
genomic: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTGgttagatcta ... ttgaatgtagCTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAG
EST: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTG CCTGGTTTTGTTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTEST: gi|67015151|gb|CO443900.1|CO443900
genomic: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTGgttagatcta ... ttgaatgtagC-TGGTTATGT-GGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATT
EST: AAG-ATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTG CTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAGEST: gi|89106486|gb|DY576703.1|DY576703
genomic: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTGgttagatcta ... ttgaatgtagCTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAG
EST: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTG CTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAGEST: gi|89106464|gb|DY576681.1|DY576681
genomic: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTGgttagatcta ... ttgaatgtagCTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAG
EST: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTG CTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAG
genomic: AAGAATGGTGGCTGCAACCTGGTTGCATGTATATGTGGACAAGCATTCTGgttagatcta ... ttgaatgtagCTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAG
tatgctatcattgttatgttactcatattttgttatgtgatacttttgaatgtagCTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAGTGGCCACAGTTGTGGCAGGTTCACTGATGATCAGACTAAGAAGACAGAA
tactttt CT-rich tract
tcatattttgttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctatttttctgctttagatttcatccccttttcctttcatgattatgctatcattgttatgttactcatattttgttatgtgatacttttgaatgtagCTGGTTATGTGGGGGTGCTACAGGTAGAGATCACACATGGTCAACTATTAGTGGCCACAGTTGTGGCAGGTTCACTGATGATCAGACTAAGAAGACAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - ttctgct
- - - - - - - - - - -ttcatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatact