1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ctttattgcatcatctgttgctaattccacttccagtaggcactactctttggatctgcgtgactcgacaaagaaatcatgtcatatttccatgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTCTTAGCAGCCGTCCTCCTTGGAGAGTAAATGCAAGTTCAATTGATATCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G150496_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGG GTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTEST: gi|71442788|gb|DR823838.1|DR823838
genomic: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGGgtatggttca ... catgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTT
EST: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGG GTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTEST: gi|149072639|gb|EE160869.2|EE160869
genomic: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGGgtatggttca ... catgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTT
EST: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGG GTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTEST: gi|149012762|gb|EE042651.2|EE042651
genomic: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGGgtatggttca ... catgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTT
EST: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGGTGGTGGG GTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTEST: gi|71433918|gb|DR814968.1|DR814968
genomic: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGGgtatggttca ... catgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTT
EST: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGG GTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTEST: gi|211356176|gb|FL303065.1|FL303065
genomic: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGGgtatggttca ... catgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTT
EST: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGG GTTCATGTACCTGTTTTCTAGGGATTTTCTEST: gi|71771798|gb|DR969735.1|DR969735
genomic: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGGgtatggttca ... catgatgtagGTTCATGTACGTGTTT-CTAGGGATTTTCT
EST: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGG GTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTT
genomic: CTGTACATGTTATGAGCCAACATCTGGGTGCCAATCATGTCGATGGTGGGgtatggttca ... catgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTT
ctctttggatctgcgtgactcgacaaagaaatcatgtcatatttccatgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTCTTAGCAGCCGTCCTCCTTGGAGAGTAAATGCAAGTTCAATTGATATCA
tatttcc CT-rich tract
aaagaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctttattgcatcatctgttgctaattccacttccagtaggcactactctttggatctgcgtgactcgacaaagaaatcatgtcatatttccatgatgtagGTTCATGTACGTGTTTCTAGGGATTTTCTAGAGCTTGTTGAAAAGAATGTTCTTAGCAGCCGTCCTCCTTGGAGAGTAAATGCAAGTTCAATTGATATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - -ttgcatc
- - - - - - - ctgttgc
- - - - - - - - - - - - - ccacttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtca