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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaaggtatgggcagcaatcttttccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacctactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G145280_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G145280_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g06560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
---gttaaggtatg--ggcagcaatcttttccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacctactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTA----CATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA
   | |   || ||  | |    |    ||   ||     | |   | | || ||||    | |  |   |  |   |  |    |   || |  |  ||||||||||| || ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||    ||||||  || |||| |||||||| || || ||||||| |    
atggctgcagtttgttgtccctgactccttgtatatgtttatcgaaggtattgtcttc-tagatctggttttgagcttgattgtgctagctcttgtgtcagGCTGGTGATTCCACTGCCGAGGAGCTTGCCACTGCCACCCAGGTCCAGGGTGATTAATTACATGCCTATTGCTCGCGGTGAGAAGCGCTCGGTTGAGGCT----

upper sequence: GRMZM2G145280_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G23900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gttaaggtatgggcagcaatctttt----ccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacc-----------tactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA
            | | ||||| |||     |||||| | || | | |  ||     | |  ||| ||    | |  |||| | |             |  |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || || || ||||| ||||||||| || |  |||   ||  |  |   |     |||  | 
------------gtatcaatcatttgagatcttagttagagtagtatatttgagacaccctctt-gattcttgagttcttgttataacaattttgtatcttttgttttcagGCTGGTGATTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCAATGCTACTCAAGTTCAAGGTGATTACATGCCAATTGCCAGTGTCAAGGCAGCTATGGAGCTAGTTAAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211441590|gb|FK945757.1|FK945757
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|60400340|gb|DN233147.1|DN233147
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|211389705|gb|FL262572.1|FL262572
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGG
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGG
EST: gi|32850142|gb|CD989823.1|CD989823
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGT--GCAC-A---CAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|211389702|gb|FL262569.1|FL262569
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|15198791|gb|BI423486.1|BI423486
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAG                         GTGAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|60340124|gb|DN207097.1|DN207097
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|89761946|gb|DY689760.1|DY689760
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACTCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|211426206|gb|FL392503.1|FL392503
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|213171408|gb|FM192327.1|FM192327
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAG                         GTGAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|33093353|gb|CF053347.1|CF053347
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGT--GCAC-A---CAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|60337043|gb|DN204016.1|DN204016
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|113703968|gb|EE681472.1|EE681472
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGT--GCAC-A---CAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|30705140|gb|CD058672.1|CD058672
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|8577151|gb|BE129788.1|BE129788
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|32838732|gb|CD978413.1|CD978413
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGT--GCAC-A---CAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|149112712|gb|EE191403.2|EE191403
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|74234820|gb|DT642734.1|DT642734
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|71766827|gb|DR964764.1|DR964764
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|211389701|gb|FL262568.1|FL262568
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACGCAAG                         GTGAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACTGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|76292773|gb|DV032341.1|DV032341
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|29947149|gb|CB816506.1|CB816506
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|78106398|gb|DV524816.1|DV524816
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|74237761|gb|DT645675.1|DT645675
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|32912483|gb|CF017295.1|CF017295
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAG                         GTGAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|211271424|gb|FK945754.1|FK945754
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|14996957|gb|BI319085.1|BI319085
EST:     CTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|60356573|gb|DN223546.1|DN223546
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|32849964|gb|CD989645.1|CD989645
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGT--GCAC-A---CAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|5650028|gb|AI920388.1|AI920388
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                    
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACAC------AAGgttaaggtat ... ttcat
EST: gi|60401554|gb|DN234361.1|DN234361
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                    
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACAC------AAGgttaaggtat ... ttcat
EST: gi|32927581|gb|CF032393.1|CF032393
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGT--GCAC-A---CAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|28873512|gb|CB329492.1|CB329492
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|32927578|gb|CF032390.1|CF032390
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGT--GCAC-A---CAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|15005379|gb|BI325446.1|BI325446
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|74234821|gb|DT642735.1|DT642735
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|8665447|gb|BE186263.1|BE186263
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|211389706|gb|FL262573.1|FL262573
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACGCAAG                         GTGAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACTGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
EST: gi|60340943|gb|DN207916.1|DN207916
EST:     TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAG                         GTTAAGGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC
genomic: TTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagG------CTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1000

CCGCCGCAAGAACAAATCCCTTGAGGGACTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 918

CCGCCGCAAGAACAAATCCCTTGAGGGACTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 471

CCGCCGCAAGAACAAATCCCTTGAGGGACTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 730

CCGCCGCAAGAACAAATCCCTTGAGGGACTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtat ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacctactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA
                       ctctaat  putative branch site (score: 730)
                                       cctactttc  putative PPT
     tatctta  TA-rich tract