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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgggcagcaatcttttccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacctactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G145280_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G145280_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g06560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----------gtatgggcagcaatcttttccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacctactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTA----CATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA
            | | | |    |    ||   ||     | |   | | || ||||    | |  |   |  |   |  |    |   || |  |  ||||||||||| || ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||    ||||||  || |||| |||||||| || || ||||||| |    
atggctgcagtttgttgtccctgactccttgtatatgtttatcgaaggtattgtcttc-tagatctggttttgagcttgattgtgctagctcttgtgtcagGCTGGTGATTCCACTGCCGAGGAGCTTGCCACTGCCACCCAGGTCCAGGGTGATTAATTACATGCCTATTGCTCGCGGTGAGAAGCGCTCGGTTGAGGCT----

upper sequence: GRMZM2G145280_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G23900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtatgggcagcaatctttt----ccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacc-----------tactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA
      | | ||||| |||     |||||| | || | | |  ||     | |  ||| ||    | |  |||| | |             |  |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || || || ||||| ||||||||| || |  |||   ||  |  |   |     |||  | 
------gtatcaatcatttgagatcttagttagagtagtatatttgagacaccctctt-gattcttgagttcttgttataacaattttgtatcttttgttttcagGCTGGTGATTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCAATGCTACTCAAGTTCAAGGTGATTACATGCCAATTGCCAGTGTCAAGGCAGCTATGGAGCTAGTTAAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101391619|gb|EB817746.1|EB817746
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211389707|gb|FL262574.1|FL262574
EST:     CDTACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACT
EST: gi|32836207|gb|CD975885.1|CD975885
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|74237761|gb|DT645675.1|DT645675
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|5740214|gb|AI947904.1|AI947904
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGG
EST: gi|32849964|gb|CD989645.1|CD989645
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|32839009|gb|CD978690.1|CD978690
EST:     CATACAAGGTCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211441590|gb|FK945757.1|FK945757
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211389701|gb|FL262568.1|FL262568
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACTGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|60344582|gb|DN211555.1|DN211555
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|8665447|gb|BE186263.1|BE186263
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211389703|gb|FL262570.1|FL262570
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACTGCTACCCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|76292773|gb|DV032341.1|DV032341
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|60356573|gb|DN223546.1|DN223546
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|149112712|gb|EE191403.2|EE191403
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|7162564|gb|AW520186.1|AW520186
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|32838732|gb|CD978413.1|CD978413
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|60355713|gb|DN222686.1|DN222686
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|91873830|gb|EB403787.1|EB403787
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211389704|gb|FL262571.1|FL262571
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGGAGCTTGCCACTGCTACC-AGGTCCA
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGG-AGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCA
EST: gi|32938543|gb|CF043362.1|CF043362
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|17930700|gb|BM267660.1|BM267660
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|71766827|gb|DR964764.1|DR964764
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|60396901|gb|DN229720.1|DN229720
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211426206|gb|FL392503.1|FL392503
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|18170890|gb|BM340730.1|BM340730
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211311383|gb|FL406198.1|FL406198
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTANCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|15198791|gb|BI423486.1|BI423486
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|60348354|gb|DN215327.1|DN215327
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|60340124|gb|DN207097.1|DN207097
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|17929836|gb|BM266796.1|BM266796
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211129397|gb|FL066373.1|FL066373
EST:     CATACAGGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACGCAAGGTGAGG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACTGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|29947149|gb|CB816506.1|CB816506
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|8577151|gb|BE129788.1|BE129788
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211271424|gb|FK945754.1|FK945754
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|32912483|gb|CF017295.1|CF017295
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|20507588|gb|BQ279696.1|BQ279696
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211129398|gb|FL066374.1|FL066374
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACTGCTACCCAGGTCCAGGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTG-ACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGG
EST: gi|32850142|gb|CD989823.1|CD989823
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211389705|gb|FL262572.1|FL262572
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGG
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGG
EST: gi|18649359|gb|BM498178.1|BM498178
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCGCGCAAGGTGAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|28873512|gb|CB329492.1|CB329492
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
EST: gi|211038163|gb|FL440377.1|FL440377
EST:     CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT
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genomic: CATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag ... ttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcttatcttagctgcttcgacctctaatctcttatcacctactttcattgcagGCTGGTGACTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCACCGCTACCCAGGTCCAGGGTGACTACATGCCATTTACTCGTGGTGAGAAACGTTCAGTTGAGGTTGTGA
                       ctctaat  putative branch site (score: 3)
                                       cctactttc  putative PPT
     tatctta  TA-rich tract