Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctaactctacaaaataagaaatatggatgtcttattaatgctaattgatgccagcagaagttattctgtggagtgctgataaaaaaactttttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATCAAAGGGGATGGAAGATGCTACATATCTACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G144716_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G144716_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g52720.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
ctaactctacaaaataagaaatatggatgtcttattaatgctaattgatgccagcagaagttattctgtggagtgctgataaaaaaactttttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATCAAAGGGGATGGAAGATGCTACATATCTACA
                  || |     || |||  | ||  |  |  ||  | | ||| | |||| ||  ||       | |      | |  |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| 
---------------gtaaagtgatattgacttggtcat--tgctcaatatctgtagatgctattatgctgataaacccttatttctttctccgtttcagTTTAATGGTTTCATTGATCTTGATGCATATGATACTATAGCGATGAAACTCAGAGGGGATGGAAGATGCTACATATCTACT

upper sequence: GRMZM2G144716_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G17350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
------------------------------------------------------------------------ctaactctacaaaataagaaatatggatgtct---tattaatgctaattgatgccagcagaagttattctgtg---gagtgctgataaaaaaactttttg------------tttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATCAAAGGGGATGGAAGATGCTACATATCTACA
                                                                         |   |  | |||| ||| || |||| |  ||   | ||| | ||  ||  ||  | |   ||   || || |   |  | ||  |  ||  | || | |            ||  |||||||||| |||||||| || ||||  |||||| |||||||  ||| ||||| ||| ||||||||||| || || ||||| 
gtgaacaacacagagctttcatttatcttactaaccattcttattcaaaacatattttctgcatgtcagtctttgtttgaagaaaagaaggaaaatgggttactatatcttagtcctggttt-tgtaaacgagagactttttgagtcagcttactattgcaactaattctagcatcctctgcttttctagTTTGATGGCTTCATTGATCTCGATGGGTATGATGCAATAGCCCTGAGGATCAGAGGAGATGGAAGATGTTATATCTCTACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6636927|gb|AW261199.1|AW261199
EST:     CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|71429695|gb|DR810745.1|DR810745
EST:     CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|78081291|gb|DV509703.1|DV509703
EST:     CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|78081290|gb|DV509702.1|DV509702
EST:     GATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: GATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|32838973|gb|CD978654.1|CD978654
EST:     CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|60340500|gb|DN207473.1|DN207473
EST:     CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|76917524|gb|DV166879.1|DV166879
EST:     GATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGGGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: GATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|71429835|gb|DR810885.1|DR810885
EST:     CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: CAACATGGAGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|148957873|gb|EC904027.2|EC904027
EST:     AACATGGAGGGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: AACATGGA-GGATCAGGCGCTATGGATTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
EST: gi|211417239|gb|FL450863.1|FL450863
EST:     AACAGGGAGGATCAGGCGCTAT-GATTTTTGTGGGATGCGATCAAAGAAG                         TTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC
genomic: AACATGGAGGATCAGGCGCTATGGA-TTCTGTGGGATGCGATCAAAGAAGgtacatactt ... tttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgccagcagaagttattctgtggagtgctgataaaaaaactttttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATCAAAGGGGATGGAAGATGCTACATATCTACA
                            tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                          ctttttgtttc  putative PPT
                               tgataaaaaaactttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctaactctacaaaataagaaatatggatgtcttattaatgctaattgatgccagcagaagttattctgtggagtgctgataaaaaaactttttgtttcagTTTGATGGGTTCATTGACCTTGATGCATATGATACAATAGCAATGAAGATCAAAGGGGATGGAAGATGCTACATATCTACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG