1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ctggtaacatttatcatatgactatcctgattttctttgtatgtgattatatccctcctaaaaagggggaatttctgatggctcaattttaattttgtagGCTACATTAGCGCTGCAATAGGTGGTGGTCCAGGATGTTTGTCTTTGCGATGTCCTGATCCATCATGCAGTGCTATGGTTCTTCAAGGGATGGTTAATGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G143644_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGAGCTCTGCTGGTTGTGCTCATTTTTATTGCCATGAATGTTGGGAAG GCTACATTAGCGCTGCAATAGGTGGTGGTCCAGGATGTTTGTCTTTGCGATEST: gi|211233382|gb|FL465909.1|FL465909
genomic: GATGAGCTCTGCTGGTTGTGCTCATTTTTATTGCCATGAATGTTGGGAAGgtctctctct ... aattttgtagGCTACATTAGCGCTGCAATAGGTGGTGGTCCAGGATGTTTGTCTTTGCGAT
EST: GATGAGCTCTGCTGGTTGTGCTCATTTTTATTGCCATGAATGTTGGGAAG GCTACATTAGCGCTGCAATAGGTGGTGGTCCAGGATGTTTGTCTTTGCGAT
genomic: GATGAGCTCTGCTGGTTGTGCTCATTTTTATTGCCATGAATGTTGGGAAGgtctctctct ... aattttgtagGCTACATTAGCGCTGCAATAGGTGGTGGTCCAGGATGTTTGTCTTTGCGAT
attatatccctcctaaaaagggggaatttctgatggctcaattttaattttgtagGCTACATTAGCGCTGCAATAGGTGGTGGTCCAGGATGTTTGTCTTTGCGATGTCCTGATCCATCATGCAGTGCTATGGTTCTTCAAGGGATGGTTAATGA
tcaattttaattttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctggtaacatttatcatatgactatcctgattttctttgtatgtgattatatccctcctaaaaagggggaatttctgatggctcaattttaattttgtagGCTACATTAGCGCTGCAATAGGTGGTGGTCCAGGATGTTTGTCTTTGCGATGTCCTGATCCATCATGCAGTGCTATGGTTCTTCAAGGGATGGTTAATGA
- - - - - - - - - - - - - ctgattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatgg