Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctgctagactttctacttgtttttccaatgcctttagctgagcgattgtgatatgcaattgagctttgatcccaatggttgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G143356_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G143356_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g55940.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagctgctagactttctacttgtttttccaatgcctttagctgagcgattgtgatatgcaattgagctttgatcccaatggttgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
|| || |  |  ||| |  || | |||||      ||||          |||  |              ||| | |  ||    |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
gtgagttagtgaactctagacctatttttttctgacctt----------atttcg--------------tttaacctaaactactgttctacagGCAGCTCGCAATATACACTGGTCCAACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148951918|gb|EC897694.2|EC897694
EST:     AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGA                         GCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
genomic: AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGAgtaagctgct ... tgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
EST: gi|211103676|gb|FL335622.1|FL335622
EST:     AGCATGCTAGGAATTATGCCCTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCA-CTGA                         GCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCCACAG
genomic: AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGAgtaagctgct ... tgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
EST: gi|211203502|gb|FL354146.1|FL354146
EST:     AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGA                         GCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
genomic: AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGAgtaagctgct ... tgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
EST: gi|148952030|gb|EC897816.2|EC897816
EST:     AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGA                         GCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
genomic: AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGAgtaagctgct ... tgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
EST: gi|149080754|gb|EE169818.2|EE169818
EST:     AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGA                         GCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
genomic: AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGAgtaagctgct ... tgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
EST: gi|211019237|gb|FL365611.1|FL365611
EST:     AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGA                         GCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCCACAG
genomic: AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGAgtaagctgct ... tgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
EST: gi|149075868|gb|EE164419.2|EE164419
EST:     AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGA                         GCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
genomic: AGCATGCTAGGAATTATGCCTTTAGCTGAGCGATTGGGATATGCAACTGAgtaagctgct ... tgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagctgagcgattgtgatatgcaattgagctttgatcccaatggttgttgtacagGCAGCTTGCAGTATACACTGGTCCAACAG
                             ctttgat  putative branch site (score: 5)