Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtggttaccgttacgctttacggtctaaatatgatgctgagcccagtggtaccatcatctgtgttccattttcctaagatttttgtttctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G143330_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G143330_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
---ttgtggttaccgttacgctttacggtctaaatatgatgctgagcccagtggtaccatcatctgtgttccattt-tcctaagatttttgtttctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG
   |      |   | || |   |  |    |||||| ||  ||      |        |   ||   ||     |  |||||||  | |  || ||||   |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||| || ||||| |  ||||||
agttccacaatgttgctaggtagt-tgaatgaaatattatattgcttatggaccacttttggactacattgtggatgccctaagaaatcttgttgtgtt---agGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGTGCAGGAAAATTTGAAGCGAAATTTTTTCACAAG

upper sequence: GRMZM2G143330_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g16660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
---ttgtggttaccgttacgctttacggtctaaatatgatgctgagcccagtggtaccatcatctgtgttccattt-tcctaagatttttgtttctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG
   |      || |     |   |   |    |||  |  |      |  ||  || ||| ||    | |  ||   ||  ||||  | |  || |  | |||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || || |||||||| || |||||||  ||||||
acatctgaactatccacctgtaatgttgctgtaatgagtagtcagttcttgt--tatcattattccagctatataagtcacaagaaatct--ttgttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGAGCGGGAAAATTTGAAGCGAAATTCTTTCACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71760667|gb|DR958604.1|DR958604
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|149043303|gb|EE047366.2|EE047366
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|101401499|gb|EB822429.1|EB822429
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTTTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|78086971|gb|DV515364.1|DV515364
EST:     TCACAGAGAGACGTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCCCTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCTC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|74243657|gb|DT651571.1|DT651571
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|91872573|gb|EB402530.1|EB402530
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGGTCTAGGGAGG-GGTCAGGATGCCATGAATGTGACTATGACTGACCC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGG-AGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCG
EST: gi|78119407|gb|DV537791.1|DV537791
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|37374667|gb|CF623711.1|CF623711
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|148995509|gb|EE034699.2|EE034699
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATG
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATG
EST: gi|60353275|gb|DN220248.1|DN220248
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|78087877|gb|DV516270.1|DV516270
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATG
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATG
EST: gi|71301123|gb|DR786594.1|DR786594
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|91872572|gb|EB402529.1|EB402529
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTTTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|71301121|gb|DR786593.1|DR786593
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
EST: gi|31909651|gb|CD651025.1|CD651025
EST:     TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACT                         GTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC
genomic: TCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 299

CTATGGGATACAAGAACGCTGACCCTGATCAAGACATATGTCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 352

CTATGGGATACAAGAACGCTGACCCTGATCAAGACATATGTCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 334

CTATGGGATACAAGAACGCTGACCCTGATCAAGACATATGTCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 236

CTATGGGATACAAGAACGCTGACCCTGATCAAGACATATGTCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcct ... ctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagtggtaccatcatctgtgttccattttcctaagatttttgtttctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG
                                    tttttgtttctgtttt  CT-rich tract
                               taagatttttgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtggttaccgttacgctttacggtctaaatatgatgctgagcccagtggtaccatcatctgtgttccattttcctaagatttttgtttctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - gatgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgtt