1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tttcattagatgcatggacgaggtgtaactaagttttgggggatgggaaattgacagcattgcgctaatcatattaactttgtgttattttttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATCACATCATACAAACTTGCGAAGGGTCACATATCTTGTTTTAGATGAAGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G143246_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGCACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|78081135|gb|DV509547.1|DV509547
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAEST: gi|149099803|gb|EE185855.2|EE185855
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGA
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|91053059|gb|EB163477.1|EB163477
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: CATATATGGTGGTGTGCAAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACCCCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|60342571|gb|DN209544.1|DN209544
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|31359983|gb|CD444340.1|CD444340
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: ATATATGGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|78120999|gb|DV539383.1|DV539383
genomic: ATATATGG-TGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTATTTGAEST: gi|31349821|gb|CD434178.1|CD434178
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGA
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|148952300|gb|EC898110.2|EC898110
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAAATGTTATAGCTAEST: gi|148931912|gb|EC875118.2|EC875118
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTA
EST: ATATATGGTGGTGTGCCAAAAAGGTC-ACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|211150648|gb|FL192881.1|FL192881
genomic: ATATATGGTGGTGTGCCAAAA-GGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|78083647|gb|DV512040.1|DV512040
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: ATATATGGTGGTGTGCCCAAAGGTCCACAAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATEST: gi|9732984|gb|BE511736.1|BE511736
genomic: ATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAA-GTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
EST: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAG GTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
genomic: CATATATGGTGGTGTGCCAAAAGGTCCACAAGTTCGTGATCTTCAAAAAGgtttcttctt ... tttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAAT
ggaaattgacagcattgcgctaatcatattaactttgtgttattttttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATCACATCATACAAACTTGCGAAGGGTCACATATCTTGTTTTAGATGAAGC
tattaac putative branch site (score: 169)
ctttgtgttatttttt CT-rich tract
taatcatattaacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcattagatgcatggacgaggtgtaactaagttttgggggatgggaaattgacagcattgcgctaatcatattaactttgtgttattttttcttccagGTGTTGAAATTGTTATAGCTACACCAGGACGACTAATTGATATGATTGAATCACATCATACAAACTTGCGAAGGGTCACATATCTTGTTTTAGATGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
tttcatt
- - - - - tgcatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcattgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgtt