1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...catccataattattgttatggtcctacaatgctctattatcgacaatacatgcagtaagttatgaagtggttactgatcaatgctactgaatttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAAACAACAAATTATCTGTATACCAAGCTAACAGAATTAATGTCAGGACAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G142836_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAEST: gi|211425344|gb|FL007531.1|FL007531
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAEST: gi|211425343|gb|FL007530.1|FL007530
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGNGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAEST: gi|211425342|gb|FL007529.1|FL007529
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAEST: gi|16379668|gb|BI993084.1|BI993084
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
atacatgcagtaagttatgaagtggttactgatcaatgctactgaatttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAAACAACAAATTATCTGTATACCAAGCTAACAGAATTAATGTCAGGACAC
tactgat putative branch site (score: 42)
tgaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catccataattattgttatggtcctacaatgctctattatcgacaatacatgcagtaagttatgaagtggttactgatcaatgctactgaatttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAATTAAAATTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAAACAACAAATTATCTGTATACCAAGCTAACAGAATTAATGTCAGGACAC
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catccat
- - - - - - - - - tggtcct
- - - - - - - - - - - - - -aatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tactgat
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