Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcatttaactctgttatcttgcattcccattatctttttggtgaactgagatacccctttaatatcttttcaactctgatgccttgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G140689_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017761_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g06410.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtaagcatttaactctgttatcttgcattcccattatc-tttttggtgaactgagatacccctttaatat--cttttcaactctgatgccttgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG
 ||     |  | |        | |  ||     |||| ||||| |   | |  || |  | |      |  ||    || |||     ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||
-tataatatggaatggaacgagtagggtttaagctatcctttttagcatattttgaaatgcatacggctttgctgacaaagtctaccatcttgttatgaagGCACACCATGTATCACGGATTGTGTTATGGCGGAGCTTGAAAAGCTGGGACAAAAGTATCGTGTAGCATTGAG

upper sequence: GRMZM2G017761_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT2G46230.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtaagcatttaactctgttatcttgcattcccattatctttttggtgaactgagatacccctttaatatcttt--tcaactctgatgccttgt--tatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG
                       ||  || |  | |   ||||| |      | |||     |   | |  ||   || || | ||   || |  | |||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||| | || |||||||||||||| ||  | ||
----------------------gtgagttact-taaagattttgataggtctatataggttctctctcttgttaaccacctgtaattgtttctggtttgaagGCACTCCTTGTATCACGGATTGTGTCATGGCTGAGTTAGAGAAGTTAGGTCAGAAGTATCGTGTAGCTCTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31352269|gb|CD436626.1|CD436626
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|71445647|gb|DR826697.1|DR826697
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|88754303|gb|DY538444.1|DY538444
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|93013575|gb|EB639095.1|EB639095
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|88746998|gb|DY531139.1|DY531139
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|74236372|gb|DT644286.1|DT644286
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|76021687|gb|DT948857.1|DT948857
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|50326783|gb|CO521909.1|CO521909
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|74245266|gb|DT653180.1|DT653180
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|211295565|gb|FL447041.1|FL447041
EST:     CTGGA-TTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTT-TGCAAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGG
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGC-AAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGG
EST: gi|50332974|gb|CO528100.1|CO528100
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|89247134|gb|DY618920.1|DY618920
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGACTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|93011681|gb|EB637201.1|EB637201
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|74239821|gb|DT647735.1|DT647735
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|213173441|gb|FM193835.1|FM193835
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|76018425|gb|DT945595.1|DT945595
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|19769624|gb|BQ034345.1|BQ034345
EST:     TGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: TGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|50326824|gb|CO521950.1|CO521950
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|78025632|gb|DV494019.1|DV494019
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|33468200|gb|CF245249.1|CF245249
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|78077064|gb|DV505498.1|DV505498
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|5608399|gb|AI901976.1|AI901976
EST:     GAATAAGCTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTTCCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGTTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: GAATAAGCTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|76292363|gb|DV031931.1|DV031931
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
EST: gi|5688786|gb|AI941801.1|AI941801
EST:     CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAAT                         GTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC
genomic: CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 279

CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 155

CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 155

CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 165

CTGGATTTGGAGAAGGGAATGATGGATTGCCTTTATGCAAAATgtaagcattt ... tgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtgaactgagatacccctttaatatcttttcaactctgatgccttgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG
                                  ctctgat  putative branch site (score: 165)
                                          ccttgtt  CT-rich tract
                  tttaatatcttttcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagcatttaactctgttatcttgcattcccattatctttttggtgaactgagatacccctttaatatcttttcaactctgatgccttgttatgaagGTACCCCATGTATCACGGACTGTGTTATGGCTGAGCTTGAAAAGCTGGGGCAGAAGTATCGTGTGGCCTTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT