Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagccttagagacacaattgatcttgttgcttttagatcctccaccagttctaatgtcttttacacccagGTATCTATCTATGCTTCGGAAAGCTTCTAAGGAGGAAATTGTTGTTGAGCTCACAAATCTATATGACCATTTCTTCCTTACTATGGGGGAATGCAAGGCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G139977_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G139977_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g04490.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
gtaag--ccttagagacaca---attgatcttgttgcttttagatcctc-------caccagttctaatgtcttttacacccagGTATCTATCTATGCTTCGGAAAGCTTCTAAGGAGGAAATTGTTGTTGAGCTCACAAATCTATATGACCATTTCTTCCTTACTATGGGGGAATGCAAGGCT
|||||  | ||   |||||     ||  |||  |  ||||||| || ||       ||  | |||| ||||  ||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
gtaagacctttgttgacacttctgttactctgctcacttttagctcttctagtttacatgatttctgatgtactttacactcagGTACTTATCTATGCTTCGAAAAGCTACCAAGGAGGAGATTGTTGTTGAGCTGACAAATCTATATGACCATTTCTTCATTACTATGGGGGAGTGCAAGGCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattgatcttgttgcttttagatcctccaccagttctaatgtcttttacacccagGTATCTATCTATGCTTCGGAAAGCTTCTAAGGAGGAAATTGTTGTTGAGCTCACAAATCTATATGACCATTTCTTCCTTACTATGGGGGAATGCAAGGCT
                                 ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                       tgtctttt  CT-rich tract
               ttttagat  TA-rich tract