Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agactagtcctcggatgaacaaccctgtttcgttggtttttctttttgcttagtttattgtgccattgaccttttttatgcgctattattatgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G139462_T04
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G139462_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g73450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
------agactagtcctcggatgaacaaccctg----tttcgttggtttttctttttgcttagtttattgtgccattgaccttttttatgcgctattattatgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCT-
        ||| ||| |   || |  |   ||        | |   | | || ||||| ||| |  ||  | | || | | ||||||     || | ||| ||    ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||| |||| || || ||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| 
gagtttgaacttgtctttctataatgatttctcaaataaacatcattgtctcattttgtttattccatcttacaat-ggcttttttt-----ctttcattttg----cagTCAATGCAGAGGTAGTACTTAAGGCAACAAATGTTGACGGTG-TGTACGACGCAGACCCCAAGCGTAACCCAAATGCCCGCCTTCTTGAGGCTGTGAGCTA

upper sequence: GRMZM2G139462_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G18680.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
agactagtcctcggatgaacaaccctgtttcgtt--ggtttttctttttgcttagtttattgtgccattgaccttttttatgcgctattattatgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCT-
               | || |      || ||||   |||||      || ||| ||       | |   |     |||  ||  |        |    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||  || |  || || |     || ||||| || || || || ||  |  | |  | 
----------gtaagtaaagaggtggtttccgtttaagttttctccaatgatta-ttcgcaacactaaaaaaaaacttttcgcatt--------ggacacagTTAATGCAGAAGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGCG-TGTTCGACGATGATCCTAAAAGAAACCCAAACGCTCGTCTGCTTGACTCACTAACTTA

upper sequence: GRMZM2G139462_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0044g00890.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
agactagtcctcggatgaacaaccctgtttcgttg--gtttttctttttgcttagtttattgtgccattgaccttttttatgcgctattattatgtgagc-agTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCT-
    |  | | |  ||     |   | | | |     ||  ||| |  ||   | |||  |  |   |||     |  |||  ||  |||||   ||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |  ||||  ||||||||||  || |||||||| || || || ||  || | |  | 
--tttttttcccaaattttacattttatctggcaaaagtaattcatcatgtggaatttgcta-gttgttgtgaactgatattggcatttatttgttgatctagTTAATGCAGAGGTTGTGCTGAAAGCTACAAATGTTGATGG-GGTTTTCGATGATGACCCCAGGCGTAACCCAAATGCTCGTCTCCTTGATTCTCTTACTTA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211532297|gb|FL466472.1|FL466472
EST:     GAMCCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|86466838|gb|DY233208.1|DY233208
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|76013764|gb|DT940934.1|DT940934
EST:     ATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: ATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|16377611|gb|BI992021.1|BI992021
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|13126431|gb|BG317001.1|BG317001
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTG-TGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|76285329|gb|DV024897.1|DV024897
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|86468320|gb|DY234690.1|DY234690
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|60395240|gb|DN228109.1|DN228109
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|74235298|gb|DT643212.1|DT643212
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|60343359|gb|DN210332.1|DN210332
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|148960320|gb|EE153576.2|EE153576
EST:     GTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAAT-TTGATGGGT-GTGTATGA
genomic: GTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGAT-GGTGGTGTATGA
EST: gi|71758718|gb|DR956655.1|DR956655
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|6918328|gb|AW399858.1|AW399858
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTG-TGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|91878695|gb|EB408652.1|EB408652
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|211243939|gb|FL442196.1|FL442196
EST:     GAMCCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|78119796|gb|DV538180.1|DV538180
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGGTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|78106045|gb|DV524463.1|DV524463
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|50335607|gb|CO530733.1|CO530733
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: gi|50326141|gb|CO521267.1|CO521267
EST:     GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA                         TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgcttagtttattgtgccattgaccttttttatgcgctattattatgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCT
                  cattgac  putative branch site (score: 3)
                                      tattattatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agactagtcctcggatgaacaaccctgtttcgttggtttttctttttgcttagtttattgtgccattgaccttttttatgcgctattattatgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA